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brufolo
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2011 : 16:16:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di brufolo Invia a brufolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buon pomeriggio ragazzi,
ho delle pcr real time che mi hanno discriminato per lo snp rsxxxxxx i miei campioni in omozigoti aa, gg ed eterozigoti ag.
alla fine della lettura (il software è il "7300 system sds software" della applied biosystem) ho i dati in piano cartesiano (con l'asse delle x che rappresenta l'alle a, l'asse delle y l'allele g) distribuiti a seconda della fluorescenza emessa.
il problema è che tutti i campioni sono identificati come "undeterminated" e la discriminazione in teoria toccherebbe a me farla manualmente, ad occhio, a seconda della posizione del campione sul piano.
vorrei sapere se è possibile far fare al programma una discriminazone automatica dando dei valori standard di fluorescenza dei 2 fluorocromi.
grazie in anticipo a chi riponderà.

biocandy
Utente Junior

frangipani



370 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2011 : 16:25:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biocandy Invia a biocandy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ma scusa il software non ti dà un amplification plot oltre all'allelic discrimination plot?per intenderci, il plot in cui vedi per ogni campione le due curve di fluorescenza con due colori diversi per i due alleli?
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brufolo
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2011 : 16:47:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di brufolo Invia a brufolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
vi insersco una videata del software

Immagine:

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biocandy
Utente Junior

frangipani



370 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2011 : 16:51:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biocandy Invia a biocandy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
capisco..io ho utilizzato un software diverso quindi quando c'erano dei risultati undetermined andavo a vedere una per una le curve di emissione di ciascun campione...comunque mi sembrano abbastanza chiari i tuoi risultati e puoi discriminarli con facilità, a parte qualcuno...sono riportati in tre zone ben distinte: quelli più vicini all'asse y saranno omozigoti GG quelli al centro AG e quelli più o meno paralleli all'asse X sono AA. Il problema è che mi sembra strano non ci sia nessun altra funzione che ti faccia vedere le curve di emissione...è importante in questo tipo di analisi discriminare bene i genotipi e ti potrà capitare di avere delle piastre molto più disastrose di questa!A qual punto come li discriminerai con sicurezza? Io ti consiglio di chiedere a qualcuno del lab esperto di real time per farti spiegare meglio le altre funzioni del software..
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