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Federicax1989
Utente Junior
316 Messaggi |
 Inserito il - 17 luglio 2011 : 09:43:37
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Ragazzi,ma un programma di ALLINEAMENTO MULTIPLO può anche fare un confronto tra due sequenze?anzi ora vi scrivo proprio la domanda del test
UN ALLINEAMENTO MULTIPLO
1 può avvenire per allineamento locale
2 può avvenire per allineamento globale
3 può avvenire tra due sequenze
4 ( non me la ricordo)
la risposta esatta doveva essere solo una e io avrei messo può avvenire tra due sequenze ma non avendo mai praticato programmi di allineamento multiplo nn saprei :\
Ora vi dico anche altre domande:
Cos'è una mappa ad alta densità?
Cos'è una mappa particolareggiata?
Non sono sicura delle risposte perchè non trovo la definizione sul libro : s
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Federicax1989
Utente Junior
316 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2011 : 09:26:35
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
Se e' multiplo non puo' essere solo tra due sequenze, ti pare?
io avevo pensato che si il multiplo è tra più sequenze ma niente ci impedisce di farlo anche tra due XD il corso di bioinf che ho fatto è stato molto breve e non ci siamo esercitati molto su allineamenti quindi nn sapevo ..però cmq può essere sia globale che locale quindi quale sarebbe la risposta giusta o.O? la quarte,quella che non ho scritto mi pare che era proprio improponibile come risposta..cmq tu sei sicurissima/o che non può avvenire tra due sequenze? |
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Federicax1989
Utente Junior
316 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2011 : 09:29:24
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Messaggio inserito da Federicax1989
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Messaggio inserito da kORdA
Se e' multiplo non puo' essere solo tra due sequenze, ti pare?
io avevo pensato che si il multiplo è tra più sequenze ma niente ci impedisce di farlo anche tra due XD il corso di bioinf che ho fatto è stato molto breve e non ci siamo esercitati molto su allineamenti quindi nn sapevo ..però cmq può essere sia globale che locale quindi quale sarebbe la risposta giusta o.O? la quarte,quella che non ho scritto mi pare che era proprio improponibile come risposta..cmq tu sei sicurissima/o che non può avvenire tra due sequenze?
poichè è da ieri che non riesco ad aprire una nuova discussione ,ora scrivo qui anche l'altra domanda..c'era una domanda del test sul cDNA e non ricordo le risposte ,ma ricordi di aver che il cDNA è un acido nucleico stabile( andando per esclusione) però mi hanno detto di aver sbagliato..quindi il cDNA è instabile? mi dite anche qlk altra caratteristica legata al cDNA? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2011 : 09:38:43
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Dalla wiki http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment:
Citazione:
Global alignments, which attempt to align every residue in every sequence, are most useful when the sequences in the query set are similar and of roughly equal size. (This does not mean global alignments cannot end in gaps.) A general global alignment technique is the Needleman-Wunsch algorithm, which is based on dynamic programming. Local alignments are more useful for dissimilar sequences that are suspected to contain regions of similarity or similar sequence motifs within their larger sequence context. The Smith-Waterman algorithm is a general local alignment method also based on dynamic programming. With sufficiently similar sequences, there is no difference between local and global alignments.
Dall'EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/:
Citazione:
Multiple Sequence Alignment (MSA) is generally the alignment of three or more biological sequences (protein or nucleic acid) of similar length. From the output, homology can be inferred and the evolutionary relationships between the sequences studied.
By contrast, Pairwise Sequence Alignment tools are used to identify regions of similarity that may indicate functional, structural and/or evolutionary relationships between two biological sequences.
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2011 : 11:12:32
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Citazione:
Messaggio inserito da Federicax1989
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
Se e' multiplo non puo' essere solo tra due sequenze, ti pare?
io avevo pensato che si il multiplo è tra più sequenze ma niente ci impedisce di farlo anche tra due XD il corso di bioinf che ho fatto è stato molto breve e non ci siamo esercitati molto su allineamenti quindi nn sapevo ..però cmq può essere sia globale che locale quindi quale sarebbe la risposta giusta o.O? la quarte,quella che non ho scritto mi pare che era proprio improponibile come risposta..cmq tu sei sicurissima/o che non può avvenire tra due sequenze?
Il fatto è che l'allineamento multiplo richiede molte piú risorse e tempo di calcolo che un allineamento tra due sequenze. Quindi, i programmi progettati per fare allineamento multiplo (clustalw, t-coffee, muscle..) sono ottimizzati per essere piú veloci e piú approssimativi, mentre quelli per l'allineamento tra due sequenze (Blast, etc..), sono ottimizzati per essere piú precisi. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Federicax1989
Utente Junior
316 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2011 : 15:22:18
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| ma io so che blast non è tanto preciso o.O infatti fa una ricerca euristica e poi l'insieme di subject che dà blast viene analizzato con programmi più precisi |
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