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Livia89
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 09 agosto 2011 : 17:35:24

Salve ragazzi,
avrei un problema. Da una PCR ho ottenuto la sequenza di cDNA parziale di un gene non ancora descritto. Quindi non ho la sequenza completa di questo gene.
A questo punto dovrei lanciare una ricerca di questo frammento di cDNA contro una libreria EST specifica per Triticum per vedere se trovo qualcosa e poi provare a ricostruire il gene sulla base delle sequenze EST disponibili, sfruttando le regioni di overlap.
Ma come si fa? Cio� come faccio a lanciare la ricerca delle EST che contengono il mio frammento? Non ho mai fatto cose del genere.
Please...

Livia89
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 09 agosto 2011 : 20:24:36

Nessuno che ne capisca un po' nei paraggi?
...
mi servirebbe proprio un aiutino.

zerhos
Utente Junior

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

421 Messaggi

Inserito il - 10 agosto 2011 : 14:21:33

Ti occorre la sequenza che hai isolato in formato FASTA, e la butti contro il database delle EST del tuo organismo.
Con le EST trovate fai un clustalw assieme alla tua sequenza, in questo modo se sei fortunata allunghi al 3' e al 5' il tuo frammento.

"l'unica differenza tra me e un pazzo � che io non sono pazzo!"
Salvador.Dal�