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spatarrunca
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 29 settembre 2011 : 16:45:33

Ciao a tutti
vi presento qui un problema che ho in questo momento e sono in cerca di suggerimenti e idee

sto cercando un gene che non � ben caratterizato negli organismi di cui mi occupo (alghe verdi) d'altra parte pero ci sono alcuni genomi sequenziati, con gene ipotetici che sono stati annotati tra cui il mio.
la mia strategia fino ad adesso � stata quello di recuperare la sequenza del gene annotato e di lanciare blast sulla sequenza del gene ricercando sequenze simili e disegnare dei primer da provare per il mio organismo, solo che le sequenze trovate sono poche per ipotizzare un primer funzionanti ed in pi� utilizzando sequenze da diversi genomi dello stesso gene annotato non mi danno molte omologie fra i geni usati.

sperando d'esser stato chiaro .... vi chiedo IDEE ????

zerhos
Utente Junior

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

421 Messaggi

Inserito il - 04 ottobre 2011 : 12:32:31

Magari lo hai gi� fatto; prova a fare un clastalw di questo gene di tutti gli organismi in cui esso � annotato e disponibile e vedi se ci sono dei tratti di sequenza altamente conservati, con buona ragione potrai assumere che anche nel tuo organismo saranno conservati e quindi disegna qu� i tuoi primers. Se non ottieni un buon risultato nell'amplificazione, prova a disegnare primers parzialmente degenerati, anche li vedi quali possono essere le sostituzioni pi� frequenti e crea il tuo mix di primers.

"l'unica differenza tra me e un pazzo � che io non sono pazzo!"
Salvador.Dal�