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 cosa si intende per stringa consenso?
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viggy
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41 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 11:09:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di viggy Invia a viggy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sto preparando l'esame di bioinformatica, e nell'affronatare la ricerca di pattern secondari ho trovato l ' espressione "stringa consenso" riferita al pattern stesso.
potete spiegarmi cosa significa?
grzie a tutti.

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 11:21:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Semplicemente la stringa composta dai nucleotidi piś comuni in ogni posizione.

Immagina di avere tre sequenze:


AAGACCCTTTT
AAAACCCTTAT
ATAACCCTTTT


La sequenza consenso sarį AAAACCCTTTT, o, a seconda del threshold utilizzato, A[AT][AG]ACCCTT[AT]T.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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viggy
Nuovo Arrivato



41 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2011 : 12:01:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di viggy Invia a viggy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille, finalmente mi č chiaro!
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