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Moloney
Nuovo Arrivato

111 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2011 : 21:44:53

Ciao a tutti!

Ho in mano una serie di coordinate genomiche. Vorrei visualizzarle tutte insieme in un grafico che mi faccia vedere schematicamente tutti i cromosomi, per vedere come si distribuiscono. Pensavo a qualcosa come dei "lollypop". L'ideale sarebbe anche che si colorassero in base a dei parametri di espressione.
L'idea iniziale era quella di un BED da aggiungere come custom track su genome browser, ma non riesco a visualizzare tutti i cromosomi e non mi piace molto come rappresentazione, � troppo dispersiva. C'� qualcosa di user-friendly di alternativo che si possa usare?

Moloney
Nuovo Arrivato

111 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2012 : 22:17:12

Uppo la discussione, nella speranza che qualche anima pia mi possa aiutare ancora! :D

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2012 : 22:56:18

Ciao,
qualche tempo fa ho scritto un piccolo programma per automatizzare il fetching delle immagini da un browser UCSC. Prova a vedere se ti pu� essere utile:

- http://bioinfoblog.it/2011/12/a-script-to-fetch-images-from-the-ucsc-browser/

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 17 gennaio 2012 : 12:51:03

Potresti utilizzare excel e rappresentare ogni cromosoma come una line parallela all'asse delle x. Ma dipende dal volume dei dati. Io con il genoma di lievito ci riesco, ma considera che excel ha dei limiti.

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 17 gennaio 2012 : 15:30:15

hmmm... in quel caso allora meglio farlo con R, cos� il volume dei dati non � un problema

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