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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
 Inserito il - 20 novembre 2006 : 19:03:59
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Qualcuno saprebbe consigliarmi un argomento biologico da affrontare sotto il punto di vista di chimica fisica biologica?
Cioè parlare di Entalpia e cose fisiche... bla bla bla
Sapete anche dei libri? io non ho proprio niente.. e devo preparere un argomento.. 
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Jarod99
Nuovo Arrivato
78 Messaggi |
Inserito il - 20 novembre 2006 : 21:05:03
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potresti provare con il ripiegamento di proteine: parte di questo vasto argomento è spiegato con la chimica fisica (ad es. le forze entropiche che regolano il ripiegamento, tutti le possibili conformazioni che potrebbe assumemere una proteina in soluzione ma che in realtà non assume...)
non ti so consigliare libri perchè il corso l'ho fatto sulle slide del mio prof.
ciao! |
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microbo
Nuovo Arrivato
117 Messaggi |
Inserito il - 20 novembre 2006 : 23:35:12
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| Prova l'aktins di chimica-fisica, io ho studiato su quello |
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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2006 : 12:58:17
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| grazie.. proverò.. |
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moonycinzia
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2006 : 15:40:29
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Modello di langmuir o di hills per l'associazione e dissociazione proteina-ligando!
me l'ha chiesto all'esame.
Anche il folding è un bell'argomento |
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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
Inserito il - 30 novembre 2006 : 16:57:08
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ho sfogliato l'atkins ma non c'è un arogmento biologico trattato dal punto di vista chimico fisico.
Mi piacerebbe trattare per esempio la denaturazione del DNA... avete materiale didattico da suggerirmi? o libri da consigliarmi.. |
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planetx
Nuovo Arrivato
Prov.: Taranto
Città: Talsano
25 Messaggi |
Inserito il - 30 novembre 2006 : 17:08:52
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| hai probvatio a vedere sul biochimica di lehninger??? |
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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
Inserito il - 05 dicembre 2006 : 14:48:35
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| ho provato anche su quel libro ma non riesco a trovare una spiegazione sulla denaturazione del DNA dal punto di vista chimico.fisico... =( altri suggerimenti? |
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pitt_323
Utente Junior
Prov.: Modena
Città: Modena
226 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2006 : 21:00:46
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| Ciao silvia,io per quanto riguarda il corso di chimica fisica biologica che sto seguendo,l'argomento della denaturazione del DNA dal punto di vista chimico fisico non l'ho trattato. Noi abbiamo trattato i modelli QSAR,ovvero lo studio delle realzioni che legano alcune proprietà di molecole (o macromolecole) con altri parametri chimoco-fisici. Ad esempio come può variare l'acidità di un composto benzenico in relazione all'aggiunta in meta e o in para di altri sostituenti, analizzando tali variazioni dal punto di vista elettronico,sterico e conformazionale. Verso la fine del corso parleremo delle macromolecole (proteine) e le studieremo da questo punto di vista,magari in quel momento saprò darti risposte riguardo il DNA. Per il momento posso consigliarti di dare un'occhiata a "Medical chemestry and drug discovery" Burger. (è suddiviso in volumi,sinceramente al momento nn ricordo in quale volume si parli dei modelli QSAR,cmq in generale ci sono parecchie cose a riguardo,magari può esserti utile).Ciao |
Vandini Pietro |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2006 : 22:44:39
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Non so quanto il QSAR possa servire per l'analisi delle cinetiche di denaturazione degli acidi nucleici; il QSAR (o, meglio ancora, il 3D-QSAR) diventa utile per la realizzazione di modelli farmacoforici, su cui progettare un lavoro di drug design razionale. Comunque, pitt_323, se vuoi approfondire l'argomento io avevo trovato il sito di questo tizio (http://www.kubinyi.de/): piu' che esauriente.
Ritornando alla denaturazione del DNA...
La presenza di sistemi eteroaromatici nelle basi nucleotidiche fa si che DNA e RNA assorbano luce nella regione ultravioletta (260 nm). Le basi non impegnate in legami di idrogeno (eliche singole) assorbono di più di quelle impegnate in una doppia elica, per cui trattamenti che rompono i legami di idrogeno (alcali o calore) ne aumentano l’assorbanza.
E’ possibile aumentare l’assorbanza aggiungendo difenilamina, specifico per il DNA (metodo di Burton) o acido diamino benzoico.
L’analisi di una curva di assorbimento ci consente di valutare lo stato di degradazione e/o denaturazione del DNA presente nel campione di analisi.
Da questa curva è possibile pure definire la temperatura a cui incomincia il processo di denaturazione. La Tmelting è specifica da un DNA all’altro, e sarà tanto più alta quanto maggiore sarà il contenuto in G-C (ci sarà un numero maggiore di legami idrogeno da rompere, a parità di lunghezza del filamento).
Dal momento che lo stato di denaturazione di un acido nucleico dipende dalla quantita' di legami idrogeno coinvolti nella formazione della doppia elica potrebbe tornarti utile un'analisi dei legami idrogeno.
Uno dei principali metodi per misurare la capacita' di un composto di realizzare legami di idrogeno e' basato sulla misura del coefficiente di ripartizione (P = [sostanza]olio/[sostanza]acqua).
La fase organica e' spesso costituita dal n-ottanolo, che ha i seguenti pregi:
- ha una struttura anfipatica, quindi il sistema simula piu' o meno l’ambiente fisiologico acquoso compartimentato da membrane.
- realizza ponti di idrogeno
- e' parzialmente solubile in acqua, quindi favorisce il passaggio del composto da una fase all’altra per il raggiungimento dell’equilibrio
- i valori di logP non variano con T
- non assorbe nel vicino UV
Il logP puo' essere utilizzato per descrivere la capacita' di un composto di formare legami idrogeno, considerando la differenza tra il logP misurato in ottanolo (logPoct) ed il logP misurato in un solvente incapace di realizzare legami di idrogeno come l’esano (logPesn) . Tale differenza sara' dovuta ai legami idrogeno che il composto realizza nell’ottanolo e che non può realizzare nell’esano o in un altro solvente totalmente apolare.
logPoct - logPesn = DlogP = capacità H-bonds
In tal modo è possibile scindere il logP in due componenti:
aV una dovuta all’apolarità del composto ed è approssimativamente proporzionale al volume della molecola
bL una dovuta alla polarità del composto ed è dipendente dalla sua capacità di dare H-bonds
logP = aV + bL = aV + DlogP
A sua volta il DlogP puo' essere scomposto nella capacita' di accettare legami idrogeno (a) e di donare (b), per cui l’equazione finale risulta
logP = aV + ba + cb
La metodica più semplice e antica per la valutazione analitica dei legami idrogeno è denominata shake flask: i composti vengono disciolti in una soluzione tamponata a pH fisiologico (7.4) e se ne determina l’assorbanza del composto in acqua (A100).
Alla fase acquosa si aggiunge la fase organica in vari rapporti di volume e si agita per lungo tempo. Dopodiche' si riseparano le due fasi per centrifugazione e si misura la nuova assorbanza in acqua Awat e dal rapporto tra i due valori di assorbanza si risale al logP, utilizzando la seguente formula:
logP = log{[(A100 - Awat) * Vwat/Vorg] / Awat}
Questa metodica necessita pero' che la sostanza in esame possieda un gruppo cromoforo che assorba nell’UV; la incapacita' di assorbire dell’ottanolo evita il generarsi di interferenze.
Sono state sviluppate delle varianti del metodo shake flask; una prevede che il campione venga misurato mediante tecniche di cromatografia.
Un’altra variante utilizza un metodo di titolazione acido/base di tipo potenziometrico. Tale metodo si basa sulle differenze tra i punti di equivalenza ottenuti da una titolazione realizzata in acqua e una nella miscela acqua-ottanolo. Dalla differenza tra pK reale e pK apparente si risale al logP.
Le limitazioni di questa seconda variante risiedono nel fatto che il composto da titolare deve essere ionizzabile (non c'e' problema nel caso del DNA).
Bisogna considerare che la specie neutra e quella ionizzata avranno sicuramente logP differenti. Il logP misurato al punto di equivalenza sara' quindi una media pesata dei logP delle due specie (viene chiamato logD). |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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°silvia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Genova
Città: genova
100 Messaggi |
Inserito il - 16 dicembre 2006 : 18:55:19
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| grazie! =) |
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tropolina@tiscali.it
Nuovo Arrivato
Prov.: tropolandia
Città: tropolone
1 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2008 : 11:24:51
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ciao!
sembra che a genova con il corso di chimica fisica biologica abbiamo tutti lo stesso problema! scarsità di argomenti da trattare all'esame.. he he he! non è che ti è avanzata qualche idea? se hai già fatto ricerche mi sai dare due dritte?
grazie |
tutto,presto e bene |
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chimica fisica biologica
Didattica
