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MariBi
Utente Junior
170 Messaggi |
 Inserito il - 27 novembre 2006 : 11:01:47
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Ciao a tutti!
C'è qualcuno che potrebbe spiegarmi con precisione la differenza tra DOMINI, MOTIVI, PROFILI E PATTERN proteici? Grazie 
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2006 : 12:10:28
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Dominio (brutta traduzione dell'inglese domain) è una parte funzionale di una proteina. Ad es. il dominio catalitico di un enzima è la parte della proteina che permette all'enzima di catalizzare la reazione, oppure si parla spesso di domini di binding (es. DNA binding domain) che sono parti di una proteina che permettono il legame con altre molecole.
Motivo è una parte strutturale di una proteina, caratterizzata ad es. da una certa struttura 2aria e 3aria. Molte proteine possono avere lo stesso tipo di motivo strutturale, ad es. serie di alfa eliche e foglietti beta disposti in un certo modo (un esempio è il beta barrel).
Non sono sicuro di profili e pattern proteici, credo che riguardino quali proteine sono espresse in un certo tipo cellulare o in un certo tessuto. Forse si intende anche dove queste proteine sono a livello cellulare? |
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MariBi
Utente Junior
170 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2006 : 12:29:12
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In effetti il dubbio maggiore era tra profilo e pattern proteici. In giro c'è parecchia confusione tra i termini.  |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 30 novembre 2006 : 20:21:21
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Citazione:
Messaggio inserito da MariBi
In effetti il dubbio maggiore era tra profilo e pattern proteici. In giro c'è parecchia confusione tra i termini.
allora, un DOMINIO è tale quando consiste una unità di folding, mentre il MOTIVO è più ristretto rispetto ad un dominio, e può anche appartenere ad un dominio stesso e nonostante abbia struttura secondaria e ulteriori ripiegamenti in struture supersecondarie nn costituisce una unità di folding.
Per PATTERN, per lo meno in bioinformatica si intendono i residui accettati per una serie di posizioni (sia proteico che di acidi nucleici).
Infine il PROFILO, indica come nel pattern i residui accettati (o il tipo di residui accettati) ma fornisce informazioni in più, cioè i residui accettati sono "pesati" in base a quali effettivamente sono i più accettati in quella posizione, quindi nel profilo possiamo anche trovare dei residui non accettati nel pattern, ma in generale la sequenza non si discosta troppo da quello che dovrebbe essere |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 14 giugno 2009 : 14:37:03
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Io darei le seguenti definizioni:
Motivo è formato da strutture secondarie che si ripetono e sono collegate con un certo ordine. Tra i motivi più comuni ricordiamo:
- beta-alfa-beta, che si trova poi nei TIM barrel (otto di queste ripetizioni) o nel ripiegamento di Rossmann, dove però le eliche sono sia sopra che sotto il piano del foglietto formato dai filamenti beta;
- il motivo a greca;
- il motivo a botte "jelly roll";
- il motivo elica-loop- elica, che si trova nelle proteine che legano il calcio e in quelle che legano il DNA;
- la forcina beta, formata da due filamenti beta antiparalleli;
Il dominio invece è una parte della catena polipeptidica che si può foldare in modo indipendente dal resto della proteina (non sempre vero) e spesso è anche una unità funzionale, cioè svolge un ruolo proprio. Il dominio è quindi formato da motivi.
ciao
PS: consiglio caldamente a chi volesse approfondire di guardare il libro "introduzione alla struttura delle proteine, Braden - Tooze". |
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