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luxlucis
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 16:43:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di luxlucis Invia a luxlucis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao
Dovrei ricercare la sequenza promoter di un gene, per inserirla in un plasmide reporter con GFP. Il promotore del gene non e` descritto in letteratura. Quali sono gli steps da seguire, qualcuno puo` aiutarmi?

roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:05:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
YPA.csbb.ntu.edu
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luxlucis
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:06:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di luxlucis Invia a luxlucis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:08:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per lieviti. se ci dici il gene in che specie è, magari possiamo aiutarti meglio.
ti suggerisco comunque di cercare su pubmed le pubblicazioni inerenti a database/software per la ricerca di promotori. ce ne sono a morire, e l'articolo ti aiuterà nel loro utilizzo
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luxlucis
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:15:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di luxlucis Invia a luxlucis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il promotore gel gene non e` ancora stato pubblicato. Il gene e' il seguente: NM_002033.3
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roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:28:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quindi è in H.sapiens. Allora ti consiglio appunto di cercare su pubmed un databae per promotori umani.
In alternativa credo che tu possa amplificare circa 1kb-1.5kb a monte del tuo gene, clonare nel vettore e provare ad esprimere. 1kb è solitamente sufficiente, ma non so dirti con certezza, soprattutto riguardo l'uomo.
comunque ci sono vari parametri da tenere in considerazione per trovare un promotore: presenza di TATA box, localizzazione intergenica ecc., ma sono sicura che pubmed saprà dirti più di me!
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pokypsi
Nuovo Arrivato



20 Messaggi
Inserito il - 08 dicembre 2011 : 16:26:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di pokypsi Invia a pokypsi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
prova con gene2porter. Puoi scaricarlo gratis per 2-3 settimane. E in pratica puó cercarti l inizio della trascrizione e un numero di basi prima e dopo...cosi almeno ti puoi fare un´idea della sequenza.
In bocca al lupo
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