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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 25 novembre 2011 : 09:56:46
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Premesso che sono consapevole del fatto che gli attuali forcefield applicati agli zuccheri non sono del tutto affidabili (e premesso il fatto che sono un po' niubbo nel campo), qualcuno potrebbe suggerirmi protocolli per GROMACS per simulare proteine glicosilate. Come devo trattare i residui che presentano catene di NAG attaccati.
Dovrei allestire una simulazione antigene::Fab e la porzione glicosidica rappresenta una parte determinante dell'epitopo
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2011 : 14:48:44
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Ciao, purtroppo non sono ancora competente della pratica della dinamica, perdonami per questo intevento quando vedrai la presenza di una risposta certo non ti aspetterai una domanda....
Tale dinamica per che tempi riuscirete a farla? (è proprio una curiosità fine a se stessa, perdonamela) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 novembre 2011 : 11:09:05
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Citazione:
Messaggio inserito da M111
Ciao, purtroppo non sono ancora competente della pratica della dinamica, perdonami per questo intevento quando vedrai la presenza di una risposta certo non ti aspetterai una domanda....
Tale dinamica per che tempi riuscirete a farla? (è proprio una curiosità fine a se stessa, perdonamela)
Guarda, proprio non saprei in quanto non ho idea di come si trattino le proteine glicosilate in GROMACS. Se ti riferisci ai tempi di calcolo su sistemi di dimensioni simili (complessi antigene::Fab dove l'antigene ha circa 1-200 residui) ci si mette circa una settimana spremendo al massimo un Intel Xeon 2.53GHz 8core (le macchine che abbiamo qui). |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 novembre 2011 : 11:20:30
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Citazione:
Guarda, proprio non saprei in quanto non ho idea di come si trattino le proteine glicosilate in GROMACS. Se ti riferisci ai tempi di calcolo su sistemi di dimensioni simili (complessi antigene::Fab dove l'antigene ha circa 1-200 residui) ci si mette circa una settimana spremendo al massimo un Intel Xeon 2.53GHz 8core (le macchine che abbiamo qui).
Dimenticavo... una settimana per fare una simulazione di 50ns in solvente esplicito, condizioni NPT. |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
Inserito il - 28 novembre 2011 : 20:50:20
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...scusami non ero più intervenuto, ecco volevo sapere proprio dei 50ns....grazie per aver soddisfatto la mia curiosità ;)
Bhè dai come tempi di calcolo non male....io impego 4 o 5 giorni per ottimizzare un pesante stato di transizione.....quindi....ci possiamo stare dai ;)
Buon lavoro! |
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