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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 30 novembre 2006 : 12:51:11
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salve a tutti,
qualcuno mi saprebbe dire quali software utilizzare per l'analisi delle zone attive di una proteina mutata? Io ho il pdb della proteina mutata ed ora mi serve un software che mi consenta di capire come sono mutate le zone attive selezionando le relative sequenze aa. Cn3D farebbe al caso mio se non fosse che non accetta file PDB e l'unico metodo che suggeriscono quelli dell'NCBI per la conversione pdb->(val, prt o acd - gli unici formati supportati) non funziona con la mia molecola perchè mi ritrovo qualcosa come 1400 residui ed un file da 2.5 MB, troppo grande per l'upload. Grazie in anticipo a tutti!
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:24:27
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ciao,
non so se ho capito la domanda, ma forse il software spbdv ti può aiutare.
ciao
lele |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2006 : 17:02:24
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Ciao, di software che permettono la visualizzazione di proteine, la selezione di zone della proteina, il confronto e l'allineamento strutturale cene sono vari...per esempio Swiss PDB-Viewer, MolMol, PyMOL, sono tutti gratis. Forse è meglio Swiss PDB-Viewer perchè è + intuitivo e semplice da usare. ciao ciao |
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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 23:01:37
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grazie davvero, ragazzi! vi spiego il problema perchè penso di essere vicino alla soluzione ma mi manca ancora qualcosa! In pratica ho una proteina: BIRC1 lunga 1403 aa. Devo confrontare il suo folding con una sua variante mutata in cui è stato eliminato un esone; ora...ho cercato di scaricare il file .pdb di questa proteina ma da swissprot vengo ridirezionato verso questa entry di pdb: http://www.pdb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1i3o che, tuttavia, dovrebbe essere solo uno dei domini che compongono la proteina intera. Come posso reperire il folding intero della proteina BIRC1? Devo per forza spezzettarla in domini per farmi un'idea delle differenze? grazie in anticipo! |
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