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bluevil
Nuovo Arrivato




17 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2006 : 12:51:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bluevil Invia a bluevil un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti,

qualcuno mi saprebbe dire quali software utilizzare per l'analisi delle zone attive di una proteina mutata?
Io ho il pdb della proteina mutata ed ora mi serve un software che mi consenta di capire come sono mutate le zone attive selezionando le relative sequenze aa.
Cn3D farebbe al caso mio se non fosse che non accetta file PDB e l'unico metodo che suggeriscono quelli dell'NCBI per la conversione pdb->(val, prt o acd - gli unici formati supportati) non funziona con la mia molecola perchè mi ritrovo qualcosa come 1400 residui ed un file da 2.5 MB, troppo grande per l'upload.
Grazie in anticipo a tutti!

Zanna
Nuovo Arrivato


Prov.: Lecco


33 Messaggi

Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:24:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zanna Invia a Zanna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

ciao,

non so se ho capito la domanda, ma forse il software spbdv ti può aiutare.

ciao

lele
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Fil23
Utente Junior

gatto

Prov.: estero
Città: London


238 Messaggi

Inserito il - 06 dicembre 2006 : 17:02:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Fil23  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Fil23 Invia a Fil23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
di software che permettono la visualizzazione di proteine, la selezione di zone della proteina, il confronto e l'allineamento strutturale cene sono vari...per esempio Swiss PDB-Viewer, MolMol, PyMOL, sono tutti gratis. Forse è meglio Swiss PDB-Viewer perchè è + intuitivo e semplice da usare.
ciao ciao
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bluevil
Nuovo Arrivato




17 Messaggi

Inserito il - 07 dicembre 2006 : 23:01:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bluevil Invia a bluevil un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie davvero, ragazzi!
vi spiego il problema perchè penso di essere vicino alla soluzione ma mi manca ancora qualcosa! In pratica ho una proteina: BIRC1 lunga 1403 aa. Devo confrontare il suo folding con una sua variante mutata in cui è stato eliminato un esone; ora...ho cercato di scaricare il file .pdb di questa proteina ma da swissprot vengo ridirezionato verso questa entry di pdb:
http://www.pdb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1i3o
che, tuttavia, dovrebbe essere solo uno dei domini che compongono la proteina intera. Come posso reperire il folding intero della proteina BIRC1? Devo per forza spezzettarla in domini per farmi un'idea delle differenze?
grazie in anticipo!
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