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madoka
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 06 dicembre 2006 : 15:09:58
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Ciao a tutti,
ho un problema che non riesco a risolvere.
dovrei ricercare le descrizioni di alcune sequenze in formato fasta all'interno del database swissprot, e da questo isolarne le sequenze vere e proprie per creare un file da cui partire per fare un allineamento multiplo.
il tutto deve essere fatto utilizzando unix.
qualcuno di voi mi sa suggerire il comando/programma da usare?
Ho il pacchetto EMBOSS, può essermi utile?
Vi prego aiutetatemi!
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
 Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:15:58
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ciao,
se hai dei rudimenti di perl non è difficile.
Prova dai un'occhiata al libro Beginning Perl for bioinformatics, se non ricordo male ci sono degli esempi di script che fanno queste cose.
Ciao |
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cox
Nuovo Arrivato
33 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 12:26:59
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ciao a tutti...
il problema di madoka è anche mio... solo che io non ci capisco niente di bioinformatica...e non ho materiale se non uno pseudolibro della prof e provo ad esercitarmi in internet con le varie banche dati ma non trovo riscontri.
qualcuno può aiutarmi a capirci qualcosa di più?
ma non esistono siti in italiano?!? già è tutto così complicato...
grazie, aiutatemi se potete... a breve l'esame!!! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2006 : 13:39:39
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Ma dove era finito ieri questo topic? Mi sono cecato ;)
Un paio di domande:
- che unix usate? Linux? che distro?
- le descrizioni le dovete trovare in qualche campo particolare dei file swissprot?
In ogni caso se avete difficoltà non é necessario usare la linea di comando.
Potete usare per esempio http://www.expasy.org/srs5/, eseguire una nuova ricerca (togliendo Trembl), e poi esportare i risultati come fasta invece che 'short description'. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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madoka
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2006 : 13:52:15
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ciao giovanni e ciao a tutti, vi ringrazio per l'aiuto,
alla fine sono riuscita a risolvere il mio problema.ho usato un programma: cdbfasta.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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scaricare files fasta da swissprot con emboss
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