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Zanna
Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:13:27
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Ciao a tutti!
sto installando EMBOSS sulla mia Debian 3.1 ma ho un errore nella compilazione.
make[2]: Entering directory `/data/EMBOSS-4.0.0/emboss'
/bin/sh ../libtool --tag=CC --mode=link cc -O2 -o aaindexextract aaindexextract.o ../nucleus/libnucleus.la ../ajax/libajaxg.la ../ajax/libajax.la ../plplot/libplplot.la -lX11 -lm
cc -O2 -o .libs/aaindexextract aaindexextract.o ../nucleus/.libs/libnucleus.so ../ajax/.libs/libajaxg.so ../ajax/.libs/libajax.so ../plplot/.libs/libplplot.so -lX11 -lm -Wl,--rpath -Wl,/usr/local/lib
/usr/bin/ld: cannot find -lX11
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [aaindexextract] Error 1
make[2]: Leaving directory `/data/EMBOSS-4.0.0/emboss'
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/data/EMBOSS-4.0.0/emboss'
make: *** [all-recursive] Error 1
ho visto che è un errore che capita piuttosto spesso, e soprattutto per motivi diversi. La prima cosa da fare è accertarsi di avere le librerie di X. Una volta installate, ecco quello che ho già fatto:
1.
cd /usr/X11R6/lib/
ln -s libX11.so.6 libX11.so
2.
export LD_LIBRARY_PATH=/X11R6/lib:$LD_LIBRARY_PATH
Ovviamente l'esito non è cambiato. Inizio a non sapere più cosa fare..
Ciao a tutti e grazie!
Lele - Unimi
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Zanna
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dallolio_gm
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Inserito il - 06 dicembre 2006 : 22:28:42
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ah bueno, se vuoi ti posso passare i binari di emboss 4.0, ho anche un .deb creato con checkinstall.
In genere quando ci sono problemi con la compilazione é perché manca qualche pacchetto -dev (es.: libX11-dev, libX-6.dev).
p.s. ma dove é finito l'altro topic su Emboss che era stato aperto oggi?
ciao! |
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Zanna
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 08 dicembre 2006 : 20:32:58
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grazie dall'olio,
io onestamente ho trovato grosse difficoltà nella compilazione di EMBOSS. Ho tentato per sfizio su 3 diverse distro, riscontrando lo stesso problema. In tutti i casi le librerie per lo sviluppo di X erano installate, in particolare xorg, x11 e xdevel.
Qualcuno ha avuto un'esperienza diversa?
Ciao a tutti |
lele - unimi |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2006 : 14:03:35
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non ti so dire,
a me la compilazione funziona anche senza dover fare link simbolici manuali.
Forse l'unica cosa che cambia é che la mia é debian sid... ma credo che sia questione di qualche libreria.
Al limite cmq credo che si possa compilare anche senza il supporto a X: non potrai visualizzare i grafici direttamente, ma dovrai salvarli in un formato di immagine e visualizzarli a parte (almeno credo  )
ciao! |
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Zanna
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 13 dicembre 2006 : 14:32:30
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lo pensavo anche io, ma nella documentazione non ho trovato nulla. Certo non significa che non ci sia, ma a questo punto, avendolo installato, ho mollato il colpo.
Tu per caso hai usato msatfinder (che non è in EMBOSS, ma dipende da uno o più pacchetti di EMBOSS)? L'ho appena usato, gira una meraviglia, ma non riesce ad usare primer3 che è installato. Cmq sarebbe grasso che cola.
Ciao |
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2007 : 20:48:45
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A proposito di questo topic: ieri sera il pacchetto Emboss 4.1 é uscito in Debian/Experimental, così che per installare Emboss adesso basta aggiungere il repository apposito:
sudo cat 'deb http://debian.fastwebnet.it experimental contrib non-free' >> /etc/apt/sources.lst
e dopo aver ricaricato i repository, installare il pacchetto da synaptic (o con apt-get install emboss).
-> http://packages.debian.org/experimental/science/emboss |
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