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Autore Discussione  

xgabrix
Nuovo Arrivato



82 Messaggi
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 12:40:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di xgabrix Invia a xgabrix un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti..mi chiedevo se ad oggi esistono programmi per eseguire allineamenti profilo-profilo.
Ciao

roberta.s
Utente Junior

yeast

Città: Parigi


564 Messaggi
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 13:10:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di roberta.s Invia a roberta.s un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cosa intendi di preciso?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 18:42:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì, spiegaci un po' meglio che mi piacciono 'ste cose! ;)
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xgabrix
Nuovo Arrivato



82 Messaggi
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 21:26:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di xgabrix Invia a xgabrix un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
certo :) sto analizzando la sequenza di una proteina di cui nn si conosce la struttura..quello che ho fatto è stato eseguire PSI blast x varie iterazioni...il mi obiettivo è costruire un modello strutturale della mi a proteina usando come templato la stuttura di una proteina conosciuta. Ora so che per sistemare e creare un accurato allineamento..sarebbe un ottimaidea creare un allineamento profilo profilo...e quinid sia dalla seq con struttura che da quella senza struttura creare un profilo...e allineare i due profili.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 26 gennaio 2012 : 21:56:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ah OK, io pensavo parlassi di profili temporali! :D

Di allineamenti proteici non ne so abbastanza, credo che tu debba usare un'algoritmo di homology modeling. E qui mi fermo.

Attendiamo qualcuno più esperto di me!
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