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 Distrofia muscolare di Duchenne: p. figlio affetto
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda
Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 27 gennaio 2012 : 21:04:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buona sera a tutti! Posso chiedervi un chiarimento a proposito di un esercizio?

Elisa si rivolge ad un consulente genetico per conoscere il suo rischio di avere un figlio affetto da Distrofia Muscolare di Duchenne (malattia X-linked recessiva). Il fratello Andrea e lo zio materno (Giorgio) sono infatti affetti dalla malattia. Il valore della CPK in Elisa è nella norma.
Non si conosce la mutazione presente nella famiglia, ma è stato determinato il genotipo di un marcatore biallelico vicino al locus DMD (teta=0,04), ottenendo il seguente risultato: Elisa e la madre 1-2; Andrea e Giorgio: 1; padre di Elisa: 2. Tutti gli individui della famiglia sono stati identificati.
Disegnare il pedigree ed eseguire il calcolo di rischio richiesto.


Oltre al testo, viene fornita la tabella in cui si riportano i livelli di creatinchinasi (o fosfochinasi). Le creatinchinasi, per chi non lo sapesse (per mia sfortuna, avendo un fratello affetto da distrofia, le conosco bene!) catalizza la trasformazione di creatina in fosfocreatina. La tabella è la seguente:

Livelli di CPK in femmine normali e portatrici

Femmine    Livello CPK   Proporzione

normali     normale       100%

portatrici  normale       1/3
            elevato       2/3


Ho provato a risolverlo ma, francamente, non ho capito bene come inserire i valori della tabella nei miei calcoli. Intanto, proviamo a scrivere i genotipi questi tizi.

Padre (di Elisa): --D--2-- / Y, sano

Madre (di Elisa): --1--d-- / --D--2--, eterozigote (portatrice)

Andrea (fratello di Elisa): --1--d-- / Y

Giorgio (zio materno): --1--d--/ Y

Elisa: --D--2-- ereditata dal padre e --d--1-- o --D--1-- ereditata dalla madre

Dai genotipi, è certo che il locus malattia è associato all'allele 1. Locus malattia e alleli (1-2) sono distanti 4 cM e hanno una frequenza di ricombinazione (teta) del 4%. La madre di Elisa è certamente eterozigote, mentre la stessa Elisa ha il 2% di probabilità di avere un genotipo omozigote sano: --D--2-- (paterna) --D--1-- (materna, derivata dalla ricombinazione tra locus malattia e alleli 1-2). Mi si dice che i valori di Elisa sono nella norma. Da questa informazione ho potuto solo dedurre che o è sana è portatrice. Ma i valori di quella tabella.. Come li includo nel calcolo di rischio? Dovrei forse usare il LOD score per questa famiglia?

Grazie mille .

Scusatemi, ho dimenticato di aggiungere che i torni non mi contano perchè il rischio per Elisa di avere un figlio affetto è del 22%. Ma da dove esce fuori?

I could not love except where Death
Was mingling his with Beauty’s breath —
Or Hymen, Time, and Destiny
Were stalking between her and me.

E. A. Poe

0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 27 gennaio 2012 : 23:56:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

i torni non mi contano



Ma LoL

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 11:31:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Citazione:
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Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

i torni non mi contano

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Ma LoL





scusate! Che gaffe triste e imperdonabile. Mi stavo crucciando con l'esercizio e non ho proprio fatto caso a quello che scrivevo.

I could not love except where Death
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E. A. Poe
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 12:36:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Tosto in effetti questo esercizio!!!

Questa volta scusa ma non provo a farti ragionare perché diventa un po' difficle, ma passo direttamente alla spiegazione.

Innanzitutto c'è un errore nell'inizio del tuo ragionamento, tu dici:
Citazione:
La madre di Elisa è certamente eterozigote, mentre la stessa Elisa ha il 2% di probabilità di avere un genotipo omozigote sano: --D--2-- (paterna) --D--1-- (materna, derivata dalla ricombinazione tra locus malattia e alleli 1-2).

In realtà quella probabilità sarebbe 4% non 2% perché tu sai per certo che Elisa ha preso il marcatore 1 dalla madre, quindi le possibilità sono:
- ha preso il gamete parentale d--1 (96%)
- ha preso il gamete parentale D--1 (4%)

Il resto dell'esercizio è un po' più complicato, devi fare un'analisi Bayesiana in cui devi calcolarti le probabilità che E. sia portatrice o sana considerando le probabilità condizionate e le probabilità congiunte.
1) P1 = probabilità a priori; probabilità che abbia eretitato gli alleli d--1 o D--1 dalla madre, come dicevamo prima: d--1 (96%) D--1 (4%)
2) P2 = probababilità condizionata; probabilità di "falso negativo" nel test (cioè tu sai che puoi avere un valore di CPK normale anche per un eterozigote)
Guardando la tabella hai:

                                     sul totale
normali     CPK normale       100%     3/6

portatrici  CPK normale       1/3      1/6
            CPK elevato       2/3

consideri solo i casi con livello di CPK normale che sono 4 così ripartiti:
- normali: 3/4
- portatrici: 1/4

(su questo credo che non ci siano problemi, ma nel caso dimmelo)

A questo punto hai le due P e ti cacloli la P congiunta (Pc), sia per il caso che sia portatrice, sia per quello che sia sana.

       Portatrice                   Sana
P1         96%                       4%
P2         1/4                       3/4
Pc     96% * 1/4 = 24%           4% * 3/4 = 3%

Infine ti devi calcolare la P a posteriori (Pp) che è data da:
(Pc portatrice)/(Pc portatrice + Pc sana) --> PORTATRICE
(Pc sana)/ (Pc sana+ Pc portatrice ) --> SANA
A noi interessa solo la prima (che sia portatrice), la seconda puoi anche fare a meno di calcolarla.

Quindi:
Pp (Portatrice) = (Pc portatrice)/(Pc portatrice + Pc sana) = (24%)/(24% + 3%) = 88%

Finalmente siamo giunti a calcolare la P che Elisa sia portatrice che è 88%, ora credo tu sia capacissima di concludere l'esercizio da sola!

P.S. in effetti credo che questo esercizio faccia venire un po' di mal di testa, è normale che poi i "torni non contino"!
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


641 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2012 : 15:53:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho solo qualche appunto da fare perchè voglio capire bene:

Citazione:
- ha preso il gamete parentale D--1 (4%)


Questo non è un ricombinante?

Citazione:
Guardando la tabella hai:



                                     sul totale
normali     CPK normale       100%     3/6

portatrici  CPK normale       1/3      1/6
            CPK elevato       2/3


consideri solo i casi con livello di CPK normale che sono 4 così ripartiti:
- normali: 3/4
- portatrici: 1/4


Di questa parte non ho capito i valori associati a CPK di donne normali o portatrici: 3/6 e 1/6 da dove derivano? Cioè, qual è il totale? Perchè è "6"? Che cosa mi sfugge?

Citazione:
Finalmente siamo giunti a calcolare la P che Elisa sia portatrice che è 88%, ora credo tu sia capacissima di concludere l'esercizio da sola!


Tutte le volte che mi dicono così, sbaglio sempre ! Comunque, Elisa ha l'88% di probabilità di essere portatrice. Dall'unione con un uomo sano, 1 su 4 figli sarà malato (un maschio) e perciò:

88% x 0,25 = 22%.

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E. A. Poe
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GFPina
Moderatore

GFPina

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Inserito il - 28 gennaio 2012 : 16:23:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Ho solo qualche appunto da fare perchè voglio capire bene:

Citazione:
- ha preso il gamete parentale D--1 (4%)


Questo non è un ricombinante?

Sì, sì "ricombinante", scusa errore mio, avevo fatto copia incolla della riga sopra e cambiato solo D e la %.

Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo

Citazione:
Guardando la tabella hai:



                                     sul totale
normali     CPK normale       100%     3/6

portatrici  CPK normale       1/3      1/6
            CPK elevato       2/3


consideri solo i casi con livello di CPK normale che sono 4 così ripartiti:
- normali: 3/4
- portatrici: 1/4


Di questa parte non ho capito i valori associati a CPK di donne normali o portatrici: 3/6 e 1/6 da dove derivano? Cioè, qual è il totale? Perchè è "6"? Che cosa mi sfugge?


Le portatrici sono divise in "CPK normale" 1/3 e "CPK elevate" 2/3, quelle normali sono tutte "CPK normale" quindi 3/3. Quindi il totale è 6.
Detto in altre parole "portatrici CPK normale" sono 1/3 delle portatrici, ma 1/6 del totale (portatrici + sane).

Spero di aver chiarito ogni dubbio ora.
La conclusione dell'esercizio comunque è giusta!
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JGuardaGliUfo
Utente

Mafalda

Città: Roma


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Inserito il - 28 gennaio 2012 : 16:26:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di JGuardaGliUfo Invia a JGuardaGliUfo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Le portatrici sono divise in "CPK normale" 1/3 e "CPK elevate" 2/3, quelle normali sono tutte "CPK normale" quindi 3/3. Quindi il totale è 6.
Detto in altre parole "portatrici CPK normale" sono 1/3 delle portatrici, ma 1/6 del totale (portatrici + sane).


Chiaro come il Sole!

Yeah! Ho capito!

Grazie !

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E. A. Poe
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