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0barra1
Utente Senior
Cittā: Paris, VIIčme arrondissement
3847 Messaggi |
 Inserito il - 13 febbraio 2012 : 13:39:49
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Ciao,
0/1 si trova un filo(genetico  ) inguaiato e richiede il vostro aiuto.
Il grande punto interrogativo che lo sovrasta č la nuova task affidatagli dal crudele supervisor: "Matteo ti occuperai dell'evoluzione molecolare della proteina blablabla in mammiferi, vertebrati in generale ed invertebrati"
Bene, il problema č che 0/1 sa ben poco di come vengano tracciati alberi filogenetici, di come si interpretino precisamente e di quali tool bioinformatici si possano invocare per compiere studi evolutivi.
Dunque ricorro al vostro aiuto: sapreste indicarmi una guida "for dummies" a questi argomenti (su cui si baserā una fetta di tesi  )? Vanno bene review di pubmed, pdf scolastici, siti web, power point in inglese, francese, italiano, spagnolo. Gentilmente eviterei i testi cartacei in quanto dovrei attendere un po' per procurarmeli mentre il mio obiettivo č entrare nell'ottica ASAP.
Grazie
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So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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embolo
Nuovo Arrivato
87 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2012 : 23:37:24
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Magari le conoscerai giā, perō..
le sequenze fasta puoi andare a prenderle su ncbi
per allineamenti tra sequenze ci sono tcoffee , clustalW , multialin
http://phylemon.bioinfo.cipf.es per costruire alberi evolutivi
nn č molto perō . . .
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"Un giorno senza un sorriso č un giorno perso" . Charlie Chaplin
"Ci sono solo due modi di vivere la propria vita: uno come se niente fosse un miracolo; l'altro come se tutto fosse un miracolo". A.Einstein |
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roberta.s
Utente Junior
Cittā: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 11:07:50
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Sono ignorante in materia, nel senso che non mi occupo di filogenesi.
Pero' mi capita di dover confrontare proteine in organismi diversi, cercare ortologhi, paraloghi, omologhi, trovare correlazioni tra domini genici/proteici di piante e mammiferi, per esempio.
Forse puoi dare un'occhiata qui
http://expasy.org/phylogeny_evolution
e dirci cosa ti serve nello specifico, cosi' possiamo forse esserti di maggiore aiuto!
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0barra1
Utente Senior
Cittā: Paris, VIIčme arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 13:51:18
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Grazie ad embolo e roberta, una risposta č sempre ben gradita, indipendentemente da cio' che giā so.
Probabilmente hai ragione roberta, quando mi suggerisci di entrare nello specifico per riceve un aiuto pi`ų mirato, la veritā č pero' che non sapendone nulla di analisi filogenetiche ho la sensazione di brancolare nel buio sin dal principio, non focalizzando neppure le domande da fare. Per tale ragione volevo qualche guida for dummies, ma dai, intanto mi rimetto a leggere.
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:40:15
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sicuramente fasta, blast, expasy e geneBank ti possono aiutare per l'omologia e i cluster proteici.
googleando ho scoperto anke l esistenza di un database Pfam con circa 8mila famiglie proteiche!
good luck :)
qui un link utile
Allegato:  Analisi filogenetica delle famiglie di proteine omologhe.pdf
516,03 KB |
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 14:42:03
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| scusa allegato nn link :P |
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
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0barra1
Utente Senior
Cittā: Paris, VIIčme arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 15:12:01
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| Grazie mille Daria, stasera mi metto a leggere ;) |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2012 : 15:18:52
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| de nada :) |
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Discussione |
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Primo approccio allo studio della filo
