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laviadellavirtu
Nuovo Arrivato
51 Messaggi |
 Inserito il - 21 febbraio 2012 : 19:56:32
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Salve,
mi trovo davanti questo problema.
Una sequenza espressa tanto nel muscolo di topo.
chi conosce dei test in vitro e in vivo per capire la funziona di questa proteina X?
Considerate di avere un topolino normale e uno senza questa proteina.
Come fate a capire se nel muscolo questo ha una sua importanza??
buona serata.
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Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 21 febbraio 2012 : 22:13:49
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| fai dei test di capacità contrattile sulle fibre e magari sulla resistenza allo sforzo nei topini in vivo...boh... |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 21 febbraio 2012 : 23:56:42
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| Prima suppongo si dovrebbero effettuare studi in vitro ed ex vivo, secondo me. Capire con chi interagisce la tua proteina (per es. yeast two-hybrid system o pull down con mass fingerprinting di ciò che lega la proteina d'interesse) nel muscolo e dalle informazioni che già si possiedono sui partner così individuati, provare ad inferire quale fenotipo una sua mutazione potrebbe comportare. A questo punto, vagliare l'ipotesi con un topo KO e test del caso, come i test citati da Daria, ma anche ancor prima osservazioni istologiche per valutare se tra muscolo KO e wt sussistono differenze micro7macroscopiche. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Ale_90
Utente Junior
296 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2012 : 02:58:16
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| Possiedi soltanto dei dati di espressione genica di un prodotto oppure hai altre informazioni più approfondite? Ad esempio hai un'idea del ruolo di quella proteina? E' un canale ionico, una chinasi, una metiltransferasi, etc. etc. etc.? 0/1 ha detto bene, vi sono differenze macroscopiche/microscopiche tra WT e KO? |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2012 : 11:00:29
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| Si, anche semplicemente qualche analisi bioinformatica potrebbe darti qualche indizio, come nota giustamente Ale. Non dovrebbe esser difficile accertarsi se si tratti di una prot transmembranaria, citosolica oppure se ha qualche altra localizzazione cellulare, oppure se possiede siti di legame per l'actina (trattandosi del muscolo immagino ti interessi), per fosfolipidi di membrana o per che altro. Anche una bella ricerca per omologia garantirebbe qualche informazione in più. |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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laviadellavirtu
Nuovo Arrivato
51 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2012 : 08:45:32
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Il gene in questione e' il gene per p63 membro della famiglia di p53.
Contiene un dominio di transattivazione all N terminale...un binding domain per il dna (siti di legame simili a quelli di p53)e un domimio di oligomerizzazione. Il gene codifica per diverse isoforme essendo presente un altro promotore piu a valle di quello all'N terminale ed essendo noti diversi meccanismi di splicing.
quello visto con una semiq RT-PCR dopo normalizzazione con actina e' che il cdna di un'isoforma di questa proteina risulta molto espressa nel muscolo rispetto ad un topo wild type.
COme dite voi dovrei accertarmi che prima sia presenta la proteina oltre che il gene...
ma una banda tanto netta mi sembra strano che non dia proteina...
dunque mi chiedo quale siano dei test in vitro e in vivo per studiare il muscolo del topo.
Grazie ragazzi! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2012 : 09:53:00
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Citazione:
Come fate a capire se nel muscolo questo ha una sua importanza??
Decisamente la prima cosa da fare è vedere se il topo ha problemi muscolari.
Quindi ad esempio puoi fare delle analisi qualitative, ad es. vedere se il topo presenta tremori, se cammina normalmente etc.
Puoi fare dei test più quantitativi come il test di performance su rotarod, raised beam test, running wheel etc.
Questa review parla di vari test
Tests to assess motor phenotype in mice: a user's guide - Brooks and Dunnett, Nature Reviews Neuroscience 10, 519-529 (July 2009) | doi:10.1038/nrn2652
(se non hai accesso al full-text fammi un fischio che ti mando il pdf)
Immagino si possano anche fare tests tipo EMG.
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In vitro puoi misurare la massa muscolare, valutare la quantità di qualche proteina specifica (? non sono un esperto di muscoli, ma sicuramente guardando un po' su Pubmed troverai tonnellate di articoli a riguardo), valutare la contrattilità muscolare, fare dell'elettrofisiologia. |
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laviadellavirtu
Nuovo Arrivato
51 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2012 : 18:12:11
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Ragazzi grazie a tutti e....chick80 rispondi sempre chiaramente e in modo esauriente :)
per quel pdf se puoi accedere mandalo a ilyo85@alice.it
grazie e buona serata a tutti |
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 02 marzo 2012 : 19:41:17
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Esiste inoltre una particolare metodica utile per valutare lo stato del muscolo, è basata sulla diversa rifrangenza della luce che possono avere le fibre muscolari. La diversa rifrangenza è indice di un ordinamento diverso delle fibre ecc.
In tutta sincerità però non ricordo il nome di tale tecnica, prova a cercare. Buona fortuna. |
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