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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 09 marzo 2012 : 23:45:47
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ciao! allora, ho un problema con rasmol:
evidenzio i filamenti beta della mia proteina, questi foglietti insieme (uniti) determinano un filamento beta unico.
come vedete dall'ellegato, sono riuscita ad evidenziare i filamenti beta utilizzando il comando cartoon però non riesco ad evidenziare i collegamenti tra i vari filamenti come l'altra immagine in allegato.
Per favore, mi dite cosa devo scrivere nel riquadro dei comandi x ottenre quanto detto? 
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115518
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amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 10 marzo 2012 : 09:32:25
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Qualcosa del tipo
select all
cartoon
color white
select sheet
color chain
PS: ragioni speciali per usare RasMol invece di qualcosa di un po' più moderno? |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2012 : 17:47:08
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chick80 :D grazieee!!
ho fatto esattamente come mi hai detto tu, solo che evidenzio in questo modo anche le eliche...e non mi interessa vederle, poichè vorrei solo visualizzare i foglietti e discutere di quelli;
a tal proposito se aggiungo ai comandi (dopo quelli che mi hai indicato tu) anche: restrict sheet ritorno al punto di partenza cioè vedo solo esclusivamente i filamenti beta senza esser collegati gli uni con gli altri...
cmq, devo solo usare (purtroppo) rasmol, xke il mio prof x superare l'esame richiede una presentazione di una proteina che da a caso agli studenti (a me è capitato 2bg9--> recettore nicotinico) e spiegarla!!
grazie tante, ciao ciao!! |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2012 : 18:31:00
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Puoi fare
select helix
cartoon off
Però così ti rimangono i loops attorno alle helix...
La cosa migliore sarebbe di selezionare solo gli aa che ti interessano
ad es: select 10-30
seleziona gli aa da 10 a 30 |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 10 marzo 2012 : 18:43:18
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mi era stato consigliato...ma senza successo...
sono un pò impedita...
uffffff
sigh |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2012 : 18:55:49
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Vai su pdb.org sulla pagina della tua proteina e scegli il tab "Sequence"
(oppure vai direttamente qui: http://goo.gl/YN4LD )
Come vedi i foglietti beta sono nella regione 29-208
Quindi fai:
select 0-28
cartoon off
select 209-469
cartoon off
e hai eliminato tutte le eliche |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 10 marzo 2012 : 19:46:39
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WOW WOW WOW...WOWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW!!!!
FATTOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO
è MERAVIGLIOSOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO, SONO FELICISSIMISSIMA...CI STAVO PERDENDO LE SPERANZE.
NN CI POSSO CREDEREEEE :) :)
GRAZIEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE GRAZIE
E WWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW |
amelu |
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comandi rasmol
Didattica
