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GisGis
Nuovo Arrivato

Prov.: TP
Cittą: Marsala


9 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2012 : 17:48:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GisGis  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GisGis Invia a GisGis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao.
Ho bisogno di recuperare i dati del progetto 1000 Genomi. In particolare avrei bisogno di recuperare le frequenze alleliche (o genotipiche) di varianti genetiche di un singolo gene, per confrontarle con quelle ottenute con i miei campioni. Qualcuno sa come e dove trovare queste informazioni???
Grazie!

chick80
Moderatore

DNA

Cittą: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2012 : 18:43:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai provato a guardare sul loro sito?

http://www.1000genomes.org/data#DataAccess

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GisGis
Nuovo Arrivato

Prov.: TP
Cittą: Marsala


9 Messaggi

Inserito il - 23 aprile 2012 : 15:16:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GisGis  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GisGis Invia a GisGis un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Si, ho guardato il loro sito ed li ho anche contattati. Il problema č che trovo pochissime varianti nel gene che mi interessa. Se, sai qualcosa, per favore, aiutami!
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chick80
Moderatore

DNA

Cittą: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 23 aprile 2012 : 17:16:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi spiace ma non ho mai veramente fatto questo genere di studi quindi non so proprio aiutarti

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2012 : 11:38:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
su 1000genomes ci sono tre dataset:
- pilot1/phase1: genotipi di SNPs per ~2000 individui
- pilot2: con sequenze di trios (genitori + figlio) per 180 individui
- pilot3: sequenziamento a grande qualitį di un certo numero di geni

Quindi in realtį non ci sono informazioni su "varianti genetiche" di un gene, piuttosto ci sono informazioni sugli SNPs, peró non so se č la stessa cosa a cui tu ti riferisci.

Per scaricare le frequenze degli SNPs, puoi dare una occhiata qui:
- http://www.biostars.org/post/show/6897/getting-allele-frequencies-from-1000-genomes
Oppure usare tabix per scaricare i file corrispondenti alle tue regioni, e calcolare la frequenza con altri strumenti:
- http://www.1000genomes.org/category/tabix

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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