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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
 Inserito il - 04 maggio 2012 : 16:58:48
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Ciao a tutti,
sono un po' niubbo in statistica...sono tutta la sera che cerco un'informazione ma nulla.
Ho fatto un'ANOVA a due vie per una trattamento farmacologico riguardande la combinazione di due farmaci (A e B). Il p relativo al farmaco A è significativo (p<0.05 ed uguale a 0.034) i p di B e dell'interazione AB non lo sono.
Nel post hoc (LSD) non vedo nessuna differenza tra le medie.
I miei gruppi sono:
A 0mg/kg B 0mg/kg
A 0 B 200
A 400 B 0
A 400 B 200.
E' una cosa possibile? Se sì sapete spiegarmi il perchè?
Ciao e grazie mille!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:02:50
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Scusa, ma perchè hai fatto un'ANOVA a 2 vie? Qual è il secondo fattore, a parte il trattamento?
Comunque sia, sì, è possibile perchè se non erro il LSD fa delle correzioni e -soprattutto se il tuo sample size non è enorme- può essere più conservativo dell'ANOVA. |
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:06:21
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I fattori sono farmaco A e farmaco B. Sono due farmaci somministrati agli stessi animali secondo questo schema.
Gruppo di controllo A 0mg/kg B 0mg/kg
Gruppo 1 A 0 B 200
Gruppo 2 A 400 B 0
Gruppo 3 A 400 B 200
l'n=8 |
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:10:34
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| Avresti altre idee su come analizzarli? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:12:30
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Hmmm OK, io avrei fatto un'ANOVA a una via considerando semplicemente 4 trattamenti differenti. Ad ogni modo, il test LSD può essere problematico in varie situazioni e l'ho spesso visto come "sconsigliato".
Consiglierei di usare piuttosto un test di Tukey o di Scheffe che correggono alcuni dei problemi dell'LSD. |
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:26:07
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Ok capito...(grazie!!)
Tu consideri un esperimento di questo tipo, dove so già quali confronti voglio fare, un test i cui dati sono da analizzare a priori o a posteriori?
Leggevo che per il primo caso potrei evitare Anova e passare direttamente a LSD o Bonferroni (che però ha delle differenze critiche maggiori) nel secondo caso altri test come il newman keuls il quale però per esperimenti riguardanti trattamenti non mi soddisfa molto in quanto assegna differenze critiche differenti a seconda della "posizione" della media nella scala su cui lavora... |
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:31:40
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| PS ad una via l'avevo impostata ma quando mi sono messo a leggerla ho capito che non era quella giusta...l'unico fatto è il trattamento e non mi dice nulla su quale farmaco è più attivo... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2012 : 17:43:20
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Citazione:
l'unico fatto è il trattamento e non mi dice nulla su quale farmaco è più attivo...
Come no? Hai 4 gruppi: controllo, solo A, solo B o A+B
Ad es. usando il test di Tukey confronti tutti i gruppi tra loro (avrai tutte le combinazioni CTRL vs A, B, A+B, A vs B, A+B, B vs A+B), quindi puoi vedere se l'effetto di A e B è differente.
Certo, potresti invece trattare A e B come due fattori diversi e avrai essenzialmente delle variabili dicotomiche (sì/no).
Ammetto di non saperti dare un razionale a favore di una o l'altra soluzione.
Se qualche biostatistico fosse all'ascolto ci potrebbe illuminare?  |
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Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2012 : 07:48:13
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In che senso "agli stessi animali"? Fai attenzione che nella ANOVA ad effetti fissi assumi che le osservazioni siano indipendenti, ...
Citazione:
Messaggio inserito da sPR
I fattori sono farmaco A e farmaco B. Sono due farmaci somministrati agli stessi animali secondo questo schema.
Gruppo di controllo A 0mg/kg B 0mg/kg
Gruppo 1 A 0 B 200
Gruppo 2 A 400 B 0
Gruppo 3 A 400 B 200
l'n=8
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2012 : 10:23:52
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Ciao Glubus...sì non mi sono spiegato bene...volevo dire che ci sono animali che prendono entrambi i farmaci (A+B gruppo 3).
Per quanto riguarda l'anova ad una via l'unico fattore che ci sarebbe sono le dosi o trattamento ma a me non suona bene in quanto parliamo di combinazioni e con l'anova a due vie avresti il fattore farmaco A quello farmaco B e l'interazione A+B (somma di effetto o contrasto).
Ma la domanda è: sapendo già che confronti voglio fare che anlisi devo usare? è un'analisi a priori?
Ciao e grazie! |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2012 : 11:44:51
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scusa ma allora cosi il gruppo di trattamento con A+B non ha niente a che fare con l'interazione tra fattori in senso statistico
è semplicemente un gruppo di trattamento, risolvi tutto più correttamente con una ANOVA ad una via....
TMAx
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2012 : 11:59:58
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| Mmmm...mi sfugge il perchè non ci sia interazione? In questo caso non significa che i due farmaci interagiscono? Se c'è quindi somma degli effetti o no? |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2012 : 12:53:36
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In termini di 'disegno sperimentale'
tu hai un solo fattore ad effetti fissi che è il trattamento con 3 livelli d'interesse
trattamento A, trattamento B e trattamento A+B
in genere quando si testa una combinazione di farmaci si ipotizza che la combinazione porti un vantaggio rispetto al trattamento con i singoli
farmaci. Con un semplice disegno come questo puoi testare ipotesi riguardanti i parametri ( tipo medie) dei tre gruppi.
Da cui potrà scaturire che il gruppo trattato con la combinazione di farmaci è migliore o peggiore o uguale del trattamento con i singoli farmaci
(l'ho detta grossolanamente)
Statisticamente puoi testare una interazione quando hai un disegno con più di un fattore a diversi livelli
supponi di conoscere che ne so il ceppo genetico dei tuoi animali e che distingui i soggetti in ceppo A e ceppo B
in questo caso allora testerai l'effetto del trattamento che è l'effetto sperimentale di tuo interesse
e poi l'effetto del fattore 'ceppo genetico' ad effetti fissi con due livelli (a e B) che potrebbe essere un fattore di confondimento o appunto di interazione
UN disegno di questo genere permette di rispondere alla domanda , l'effetto del trattamento è costante nei diversi livelli del fattore ceppo genetico
in sintesi che relazione c'è tra l'effetto del trattamento e il ceppo genetico e come questa relazione può modificare l'effetto del trattamento.
spero di essermi spiegato!
Max
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2012 : 15:51:57
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Tmax ti allego questa nota di un referee per un lavoro simile a quello che ho proposto...spero sia chiaro così possiamo discutere. ho preso spunto da qui magari è più chiaro il senso...
The authors use a one-way ANOVA. However, the authors should use a two-way ANOVA instead, as explained below. For figure 1: First between factor: Drug A (2 levels: 0 or 0.05mg/kg), Second between factor: Drug B (3 levels: 0, 1.25, 2.5mg/kg). The two-way ANOVA described above are unlikely to yield different results, but they are more appropriate given the experimental design that was used (drug A yes/no, drug B yes/no). Authors can then use post-hocs to determine specific group differences. Also, if drug A/drug interactions are found (this is highly likely), the authors could also separate the results and analyze the effect of the drugs on vehicle vs. drug A separately. Thus, they can use a one-way ANOVA with Drug (3 levels: the 3 different doses) as between factor either on drug A or on vehicle (drug A 0mg/kg). They will likely show that drug had no effect on vehicle (0mg/kg drug A) but did on drug A (and post-hocs will show which drug doses differ from each other).
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 maggio 2012 : 09:18:01
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per rimanere in topic sull'ANOVA cito
Citazione:
[...]se il numero di osservazioni di ciascun gruppo e' abbastanza simile, l'assunzione che stabilisce l'uguaglianza della varianza delle popolazioni di origine dei campioni non e' piu' vincolante.
[F.Crivellari - Analisi statistica dei dati con R]
Quindi posso saltare il test di omoschedasticita' se la numerosita' campionaria dei trattamenti e' uguale? Perche'?
Wikipedia dice invece
Citazione:
[...]Nel caso questo assunto non sia rispettato è necessario eseguire il calcolo dell'ANOVA con la correzione di Welch.
A chi devo dare ascolto? C'e' un modo in R per apportare la correzione di Welch su una anova a due vie? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2012 : 10:13:17
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
per rimanere in topic sull'ANOVA cito
Citazione:
[...]se il numero di osservazioni di ciascun gruppo e' abbastanza simile, l'assunzione che stabilisce l'uguaglianza della varianza delle popolazioni di origine dei campioni non e' piu' vincolante.
[F.Crivellari - Analisi statistica dei dati con R]
Quindi posso saltare il test di omoschedasticita' se la numerosita' campionaria dei trattamenti e' uguale? Perche'?
Wikipedia dice invece
Citazione:
[...]Nel caso questo assunto non sia rispettato è necessario eseguire il calcolo dell'ANOVA con la correzione di Welch.
A chi devo dare ascolto? C'e' un modo in R per apportare la correzione di Welch su una anova a due vie?
NOn mi pare corretta l'osservazione del referee e da quel poco che si riesce a capire è molto probabilmente sbagliato il disegno sperimentale adottato. UNa cosa abbastanza tipica dei ricercatori che hanno poca dimesticazza con i principi del disegno sperimentale è quello di disegnare esperimenti che cercano di rispondere a molte domande.
Per definizione un esperimento fattoriale completo è quello in cui i trattamenti d'interesse sono tutte le possibili combinazioni di livelli di più fattori, ognuno presente con un solo livello di combinazione.
il referee dice che il fattore trattamento A ha due livelli che sono i diversi dosaggi e poi c'è il fattore B altro trattamento con tre livelli di dosaggi
non si possono mettere insieme in un disegno fattoriale
Inanzitutto correttamente esiste il fattore trattamento con diue livelli di interesse trattamento A e trattamento B
poi esiste un altro fattore d'interesse che è il dosaggio
che è un fattore ad effetti fissi a due livelli per il trattamento A e 3 livelli per il trattamento B . Ed è qui il problema ni due fattori non possono essere combinati in un disegno fattoriale completo.
Il che vorrebbe dire che ad ogni livello del fattore trattamento è possibile osservare l'effetto di tutti i livelli dell'altro fattore
ma in questo caso è chiaro che non è possibile: i soggetti trattati con A hanno dosaggi specifici per quel trattamento.
Insomma hanno fatto casino i ricercatori e ha incasinato di più il referee.
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2012 : 10:15:00
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scusate ho quotato il messaggio sbagliato mi riferifo a quello di sPR
:-)
Citazione:
Messaggio inserito da TMax
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
per rimanere in topic sull'ANOVA cito
Citazione:
[...]se il numero di osservazioni di ciascun gruppo e' abbastanza simile, l'assunzione che stabilisce l'uguaglianza della varianza delle popolazioni di origine dei campioni non e' piu' vincolante.
[F.Crivellari - Analisi statistica dei dati con R]
Quindi posso saltare il test di omoschedasticita' se la numerosita' campionaria dei trattamenti e' uguale? Perche'?
Wikipedia dice invece
Citazione:
[...]Nel caso questo assunto non sia rispettato è necessario eseguire il calcolo dell'ANOVA con la correzione di Welch.
A chi devo dare ascolto? C'e' un modo in R per apportare la correzione di Welch su una anova a due vie?
NOn mi pare corretta l'osservazione del referee e da quel poco che si riesce a capire è molto probabilmente sbagliato il disegno sperimentale adottato. UNa cosa abbastanza tipica dei ricercatori che hanno poca dimesticazza con i principi del disegno sperimentale è quello di disegnare esperimenti che cercano di rispondere a molte domande.
Per definizione un esperimento fattoriale completo è quello in cui i trattamenti d'interesse sono tutte le possibili combinazioni di livelli di più fattori, ognuno presente con un solo livello di combinazione.
il referee dice che il fattore trattamento A ha due livelli che sono i diversi dosaggi e poi c'è il fattore B altro trattamento con tre livelli di dosaggi
non si possono mettere insieme in un disegno fattoriale
Inanzitutto correttamente esiste il fattore trattamento con diue livelli di interesse trattamento A e trattamento B
poi esiste un altro fattore d'interesse che è il dosaggio
che è un fattore ad effetti fissi a due livelli per il trattamento A e 3 livelli per il trattamento B . Ed è qui il problema ni due fattori non possono essere combinati in un disegno fattoriale completo.
Il che vorrebbe dire che ad ogni livello del fattore trattamento è possibile osservare l'effetto di tutti i livelli dell'altro fattore
ma in questo caso è chiaro che non è possibile: i soggetti trattati con A hanno dosaggi specifici per quel trattamento.
Insomma hanno fatto casino i ricercatori e ha incasinato di più il referee.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2012 : 10:39:44
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Citazione:
Messaggio inserito da TMax
scusate ho quotato il messaggio sbagliato mi riferifo a quello di sPR
:-)
Ho notato, nel mio caso uso una 2way perche' ho effettivamente combinato due fattori diversi. A prescindere dal disegno sperimentale, tutti i miei trattamenti hanno numerosita' campionaria identica. Ovviamente i miei dati non passano il test di omoschedasticita' (ho usato il test di Bartlett). Quindi la questione del mio post rimane aperta, come mi dovrei comportare? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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sPR
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2012 : 14:28:44
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Ok grazie, mi studio qualcosa e ci rifletto!!
Citazione:
Messaggio inserito da TMax
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
per rimanere in topic sull'ANOVA cito
Citazione:
[...]se il numero di osservazioni di ciascun gruppo e' abbastanza simile, l'assunzione che stabilisce l'uguaglianza della varianza delle popolazioni di origine dei campioni non e' piu' vincolante.
[F.Crivellari - Analisi statistica dei dati con R]
Quindi posso saltare il test di omoschedasticita' se la numerosita' campionaria dei trattamenti e' uguale? Perche'?
Wikipedia dice invece
Citazione:
[...]Nel caso questo assunto non sia rispettato è necessario eseguire il calcolo dell'ANOVA con la correzione di Welch.
A chi devo dare ascolto? C'e' un modo in R per apportare la correzione di Welch su una anova a due vie?
NOn mi pare corretta l'osservazione del referee e da quel poco che si riesce a capire è molto probabilmente sbagliato il disegno sperimentale adottato. UNa cosa abbastanza tipica dei ricercatori che hanno poca dimesticazza con i principi del disegno sperimentale è quello di disegnare esperimenti che cercano di rispondere a molte domande.
Per definizione un esperimento fattoriale completo è quello in cui i trattamenti d'interesse sono tutte le possibili combinazioni di livelli di più fattori, ognuno presente con un solo livello di combinazione.
il referee dice che il fattore trattamento A ha due livelli che sono i diversi dosaggi e poi c'è il fattore B altro trattamento con tre livelli di dosaggi
non si possono mettere insieme in un disegno fattoriale
Inanzitutto correttamente esiste il fattore trattamento con diue livelli di interesse trattamento A e trattamento B
poi esiste un altro fattore d'interesse che è il dosaggio
che è un fattore ad effetti fissi a due livelli per il trattamento A e 3 livelli per il trattamento B . Ed è qui il problema ni due fattori non possono essere combinati in un disegno fattoriale completo.
Il che vorrebbe dire che ad ogni livello del fattore trattamento è possibile osservare l'effetto di tutti i livelli dell'altro fattore
ma in questo caso è chiaro che non è possibile: i soggetti trattati con A hanno dosaggi specifici per quel trattamento.
Insomma hanno fatto casino i ricercatori e ha incasinato di più il referee.
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2012 : 09:34:55
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Stavolta quoto giusto!!
Korda prova a vedere qui magari riesci a risolvere
http://statisticaconr.blogspot.it/2010/02/quando-le-assunzioni-dellanova-sono.html
ciao
TMax
Citazione:
Messaggio inserito da TMax
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
per rimanere in topic sull'ANOVA cito
Citazione:
[...]se il numero di osservazioni di ciascun gruppo e' abbastanza simile, l'assunzione che stabilisce l'uguaglianza della varianza delle popolazioni di origine dei campioni non e' piu' vincolante.
[F.Crivellari - Analisi statistica dei dati con R]
Quindi posso saltare il test di omoschedasticita' se la numerosita' campionaria dei trattamenti e' uguale? Perche'?
Wikipedia dice invece
Citazione:
[...]Nel caso questo assunto non sia rispettato è necessario eseguire il calcolo dell'ANOVA con la correzione di Welch.
A chi devo dare ascolto? C'e' un modo in R per apportare la correzione di Welch su una anova a due vie?
NOn mi pare corretta l'osservazione del referee e da quel poco che si riesce a capire è molto probabilmente sbagliato il disegno sperimentale adottato. UNa cosa abbastanza tipica dei ricercatori che hanno poca dimesticazza con i principi del disegno sperimentale è quello di disegnare esperimenti che cercano di rispondere a molte domande.
Per definizione un esperimento fattoriale completo è quello in cui i trattamenti d'interesse sono tutte le possibili combinazioni di livelli di più fattori, ognuno presente con un solo livello di combinazione.
il referee dice che il fattore trattamento A ha due livelli che sono i diversi dosaggi e poi c'è il fattore B altro trattamento con tre livelli di dosaggi
non si possono mettere insieme in un disegno fattoriale
Inanzitutto correttamente esiste il fattore trattamento con diue livelli di interesse trattamento A e trattamento B
poi esiste un altro fattore d'interesse che è il dosaggio
che è un fattore ad effetti fissi a due livelli per il trattamento A e 3 livelli per il trattamento B . Ed è qui il problema ni due fattori non possono essere combinati in un disegno fattoriale completo.
Il che vorrebbe dire che ad ogni livello del fattore trattamento è possibile osservare l'effetto di tutti i livelli dell'altro fattore
ma in questo caso è chiaro che non è possibile: i soggetti trattati con A hanno dosaggi specifici per quel trattamento.
Insomma hanno fatto casino i ricercatori e ha incasinato di più il referee.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2012 : 10:44:11
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mah mi sembra che nel post che ti ho indicato ci siano anche tutti i codici per R
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
Citazione:
Messaggio inserito da TMax
Stavolta quoto giusto!!
Korda prova a vedere qui magari riesci a risolvere
http://statisticaconr.blogspot.it/2010/02/quando-le-assunzioni-dellanova-sono.html
ciao
TMax
Grazie del consiglio... ho letto il tuo link e ho concluso che il mio caso e' particolarmente sfigato, visto che la maggior parte dei tool che suggeriscono non ci sono in R ma solo in SPSS (e il mio lab non ha tanto dinero per le licenze attualmente)
Vediamo se riesco ad aggirare il problema scrivendo degli script ad hoc...
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2012 : 11:03:01
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Citazione:
Messaggio inserito da TMax
mah mi sembra che nel post che ti ho indicato ci siano anche tutti i codici per R
Citazione:
[...]Per confrontare le medie, dobbiamo quindi procedere con una ANOVA eteroschedastica [...] utilizzando una delle seguenti procedure:
- Welch one-way ANOVA
- Brown-Forsythe procedure (non disponibile in R)
- James first-and-second-order procedure (non disponibile in R)
[...]
A questo punto dovremmo procedere con i confronti multipli. Nel caso di eteroschedasticità, i test che dovremmo eseguire sono:
- Games-Howell post-hoc test (non disponibile in R)
- Tamhane post-hoc test (disponibile in SPSS)
- Duncan-Waller post-hoc test
[...]
Come vedi la scelta della procedura (in R intendo) non e' ampia... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Discussione |
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Dubbio p ANOVA a due vie (post hoc non significativo)
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