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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 14:00:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
per la prima volta mi trovo a scrivere "materiali e metodi" in inglese ed ho qualche dubbio in merito ai termini da utilizzare (non sono molto esperta di PCR)...

Ad esempio, avendo eseguito i calcoli con il metodo di Pfaffl, cioè usando la formula:
R = Etarget ^deltaCT (control-sample)/Eref ^ deltaCT (control-sample)


è corretto scrivere:
"A relative fold change in expression of the target gene transcipt was calculated using the equation:
R = Etarget ^deltaCT (control-sample)/Eref ^ deltaCT (control-sample)

where E is the PCR amplification efficiency of target and reference genes (E target, E ref) and deltaCT is the difference in CT value
between control and treated samples"
?

Vorrei soprattutto sapere se è corretto usare il termine "fold change", perchè l'ho trovato in alcuni articoli ma non sono sicura di averne capito il corretto significato.

Grazie mille a chi mi risponderà

GFPina
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GFPina

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Inserito il - 05 maggio 2012 : 17:34:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
"Fold change" è il termine corretto, sinceramente avrei problemi a trovare un corrispettivo adeguato in Italiano , ma il significato di fold è pressapoco "nº di volte" cioè "2 fold change" vuol dire che hai un'esperessione del doppio.
Il resto della frase mi sembra poco comprensibile però:
Citazione:
"A relative fold change in expression of the target gene transcipt was calculated using the equation:

"relative" non capisco cosa dovrebbe significare in questo caso e la frase mi sembra un po' contorta e con ripetizioni, ad es. se dici espressione di un gene è ovvio che ti riferisci al trascritto, inserire trascritto nella frase è una ripetizione. Io la riscriverei in maniera molto più semplice così:
"Fold change in target gene expression was calculated..."
magari da qualche parte direi anche che hai utilizzato il metodo di Pfaffl, non so se l'hai detto in altri punti.
Anche nella parte sotto PCR e amplification mi sembrano una ripetizione, direi solo "where E is amplification efficency"
infine: "deltaCt is the difference in ct values between control and samples"
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 17:50:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille per la risposta ed i suggerimenti; putroppo le mie conoscenze teoriche e pratiche di PCR sono molto scarse e nessuno del mio gruppo mi pu¨° aiutare perch¨¨ ¨¨ una tecnica che normalmente non eseguiamo... quindi avere il parere di qualcuno che se ne intende ¨¨ ovviamente molto importante!!!


Ad ogni modo, visto che la frase che avevo postato sembrava anche a me un po' complicata, ho cambiato il tutto... Posso approfittare della tua disponibilit¨¤ e chiederti se dai un'occhio anche alla nuova versione? Questa volta dovrebbe essere la versione definitiva:

"Relative quantification of 5-HT transporter gene expression was performed using the mathematical model described by Pfaffl (2001): the relative expression ratio of the 5-HT transporter gene in the samples was calculated by introducing the PCR amplification efficiency (E) of the target (5-HT transporter) and the reference (¦Â-actin) genes and the difference in CT values between control and treated samples (deltaCT) in the equation shown in figure 1"
e poi metto la figura con la formula di cui parlavo prima


"Relative" ¨¨ un termine che usa Pfaffl stesso nel suo paper, credo che indichi il fatto che faccio un confronto con un reference gene (relative quantification) e non utilizzo una retta di calibrazione (quantificazione assoluta)... o almeno questo ¨¨ quello che ho capito leggendo varie spiegazioni sui metodi di quantificazione in PCR

"PCR amplification efficiency" forse mi conviene abbreviarlo come consigliavi tu prima...


Grazie mille!!!
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 17:53:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ooohhhh sono sparite tutte le parole accentate!!! Spero tu riesca a capire cmunque; ovviamente dove c'è scritto "¦Â-actin" intendo beta-actin
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GFPina
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GFPina

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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:02:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Purtroppo il forum non riconosce tutti i caratteri, magari poi sistemo il tuo messaggio in ogni caso non utilizzare lettere greche ma scrivile per esteso.

Si "relative" è perché è una quantificazione relativa e non assoluta, mi era venuto il dubbio ma dalla tua prima frase non mi era chiarissimo, questa versione mi sembra migliore anche se ci sono ancora delle ripetizioni, magari ci penso su un attimino e provo a sistemarla.
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GFPina
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GFPina

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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:11:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusa una cosa non mi è chiara peró, che equazione metti in fig.1?
Perchè se dici "introducing x in the equation y" vuol dire che tu hai l'equazione y che non contiene x e poi aggiungi tu x nell'equazione e ottieni una nuova equazione z. Quindi se in fig. 1 metti l'equazione di prima con E e deltaCt è sbagliata la frase.

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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:14:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Me ne sono accorta, cerchero' di fare attenzione quando scrivo...

GRAZIE INFINITE per la tua disponibilità, mi fai un enorme favore a sistemare quello che ho scritto...
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:24:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
in realtà volevo dire "inserendo i valori di E e deltaCT nell'equazione di fig.1" (che è quella di prima).

Pensi che sia meglio dire:
"the relative expression ratio of the 5-HT transporter gene in the samples was calculated using the equation shown in figure 1"
(metto la figura)
"where Etarget ande Eref are the PCR amplification efficiency of the target (5-HT transporter) and the reference (beta-actin) genes respectively and deltaCT is the difference in CT values between control and treated samples" ?

Cmq Ct avevo già spiegato nel paragrafo precedente cos'era e come si otteneva; ed il calcolo di E lo spiego subito dopo...
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GFPina
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:25:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova a vedere come ti sembra questa versione:
"Relative quantification of 5-HT transporter gene expression was calculated  using the mathematical model described by Pfaffl (2001) in which the amplification efficiencies (E) of target (5-HT transporter) and reference (beta-actin) genes and the difference in CT values between control and treated samples (deltaCT) are introduced in the equation, formula is shown in figure 1"
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GFPina
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:34:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ci stiamo accavallando con le risposte
Comunque sí, va bene anche l'altra versione (con la formula in mezzo) solo aggiungerei anche qui che è il metodo di Pfaffl, quindi direi:
"using Pfaffl equation shown in fig.1"
Vedi tu quale versione ti piace di piú, a me personalmente quel "relative expression ratio" non suona tanto bene, come parte iniziale preferivo quella dell'altra frase, volendo puoi anche utilizzare la parte introduttiva dell'altra frase, poi mettere l'equazione e infine mettere le spiegazione di E e dct dopo l'equazione.
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:42:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Direi che ci quasi ci siamo, solo vorrei inserire le parole "expression ratio" perchè poi nella formula che metto, invece di R, c'è scritto proprio "expression ratio"...
Ho fatto un piccolo collage tra la tua frase e quella di una tesi di una ragazza americana che ho trovato in internet; il risultato è:

"Relative quantification of 5-HT transporter gene expression was calculated using the mathematical model described by Pfaffl (2001), in which the amplification efficiencies (E) of target (5-HT transporter) and reference (beta-actin) genes and the difference in CT values between control and treated samples (deltaCT) are used to determine the ratio of 5-HT trasporter expression, using the formula shown in figure 1"

Cosa ne dici?
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GFPina
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:48:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sí direi che va bene!
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:48:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì sì, la frase con la formula in mezzo la volevo aggiungere dopo l'introduzione (dopo Pfaffl (2001))...

Cmq quel relative expression ratio deriva proprio dal paper di pfaffl

Paper di Pfaffl:
"A new mathematical model was presented to determine the relative quantification of a target gene in comparison to a reference gene. The relative expression ratio (R) of a target gene is calculated based on E and the CP deviation of an unknown sample versus a control, and expressed in comparison to a reference gene"
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alizzia
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:50:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alizzia Invia a alizzia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perfetto... allora userei l'ultima frase che ho postato!

Grazie mille per l'aiuto e la competenza, non sapevo proprio a chi rivolgermi!!!


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GFPina
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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:51:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da alizzia

Cmq quel relative expression ratio deriva proprio dal paper di pfaffl

Paper di Pfaffl:
"A new mathematical model was presented to determine the relative quantification of a target gene in comparison to a reference gene. The relative expression ratio (R) of a target gene is calculated based on E and the CP deviation of an unknown sample versus a control, and expressed in comparison to a reference gene"


Ah ok graizie, il paper di Pffafl l'ho letto anni fa, letto cosí "relative expression ratio" mi suonava male, ma se lo dice lui...
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GFPina
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GFPina

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Inserito il - 05 maggio 2012 : 18:52:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
P.S. di niente!
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