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drop_
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18 Messaggi

Inserito il - 09 maggio 2012 : 13:03:00

Ciao a tutti...vorrei avere la certezza di aver capito bene in cosa consiste PSI BLAST...
Io go capito questo:PSI BLAST si basa sui risultati che abbiamo da una prima ricerca di similarità con BLAST,quindi ho la mia sequenza in esame(query) e cerco eventualmente sequenze simili con BLAST...le sequenze più simili sono utilizzate per un allineamento multiplo ed i risultati di tale allineamento vengono a loro volta utilizzati per costruire la matrice PSSM che tiene conto della posizione dei residui...Quindi PSSM viene utilizzata per una nuova ricerca e si possono così ottenere nuove sequenze che a loro volta possono essere utilizzate per la cstruzione di una nuova PSSM e così via...
Quindi PSIBLAST è molto più sensibile di BLAST e permette così di identificare sequenze che sfuggirebbero all'analisi con il solo BLAST.

E' così :) ?

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2012 : 10:42:47

Ciao,
sí, hai capito bene, PSI-BLAST funziona come lo hai descritto tu.
Lanci un primo allineamento, e con i risultati di questo costruisci una matrice PSSM; dopodiché, utilizzi la matrice PSSM per lanciare un secondo allineamento, e cosí via.

In questo modo, PSI-BLAST permette di identificare sequenze ortologhe piú lontane, che sfuggirebbero ad una prima iterazione di BLAST. Comunque, penso che allo stato attuale, per identificare ortologhi lontani si utilizzano altri tool, utilizzando informazioni su struttura e funzione.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

drop_
Nuovo Arrivato

18 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2012 : 22:31:44

Grazie della conferma :)