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drop_
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18 Messaggi

Inserito il - 09 maggio 2012 : 13:14:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di drop_ Invia a drop_ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono sempre alle prese con l'esame di bioinformatica...:)
L'algoritmo di programmazione dinamica di Needlman Wunsh è per l'allineamento globale ma esiste anche una versione per l'allinemaneto semiglobale...praticamente se voglio dire le differenze in cosa consistono,è giusto dire che per l'allinemaneto semiglobale si vuole evitare di penalizzare troppo certe zone con i gap,in particolare l'inizio e la fine delle sequenze,per cui la prima riga e la prima colonna della matrice dei punteggi vengono inizializzate non con i valori di gap(come per l'allineam globale) ma bensì si attribuisce valore zero?
E poi mentre nell'allineam globale per ricostruire l'allineamneto si va a ritroso dall'ultima casella della matrice dei punteggi in basso a destra alla prima S(0,0)...nel semiglobale si guardano i valori dell'ultima riga e dell'ultima colonna e si parte dal valore massimo fino a raggiungere un elemento della prima riga e prima colonna che non sia necesariamente S(0,0)...
Per sommi capi è giusto? Ci sarebbe altro da dire?considerando che non vorrei entrare troppo nel dettaglio,non essendo una matreia per me congeniale :)
Grazie!
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