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Autore

Discussione

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2012 : 11:08:36

Mi e' venuto un dubbio atroce. La nomenclatura con cui designare la sequenza amminoacidica degli anticorpi si basa su Kabat o su Chothia, a seconda dei gusti.
Mi sono convinto che le regole di queste nomenclature sono applicabili solo ai domini variabili, e non ci sia uno standard di riferimento con cui mappare i domini costanti, che di fatto non contengono CDR.
In molti paper, invece, i residui dei domini CH e CL vengono numerati "according to Kabat"; eppure se si fa un giro sul Protein Data Bank, e si guardano i pdb dei fab, i residui dei domini costanti vengono numerati in modo continuo e progressivo, trascurando la presenza di gap tra le diverse sequenze primarie di diversi Fab. Cosa che non accade invece con i domini variabili dove le CDR, che siano corte o lunghe, rispondono ad una nomenclatura comune (esempio: la CDR-H1 mappa sempre sui residui da 26 a 33 della catena pesante).
Qualcuno sa dirmi se esistono regole di nomenclatura per i domini costanti? Per essi io ho fatto una mia nomeclatura, basandomi su un allineamento strutturale multiplo, ma magari ho fatto un lavoro per niente.
Aiutatemi, vorrei evitare figure di m**** sottoponendo un paper

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada