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 FAQ: Matrici PAM BLOSUM
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Tag   matrici PAM    matrici BLOSUM  Aggiungi Tag

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domi84
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Smile3D
Città: Glasgow


1534 Messaggi

Inserito il - 28 maggio 2012 : 20:09:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho racchiuso qui le migliori risposte riguardo le Matrici PAM e BLOSUM. Leggete tutte le risposte, se avete ancora dubbi chiedete pure.

Forte: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2295&SearchTerms=PAM,BLOSUM
Matrici PAM (Point Accepted Mutation) (Margaret Dayhoff 1978)
Due sequenze sono definite ad 1PAM di distanza se per convertire l'’una nell'’altra, c'è stata in media 1 mutazione “accettata” ogni 100 aa.
Utilizzando quindi tante coppie di sequenze ad 1 PAM di distanza, ci aspettiamo solo l’#8217;1% di differenze: a questo punto ricaviamo le frequenze di sostituzione attese di ciascuna coppia di aa. Abbiamo così costruito la matrice PAM1.

Matrici BLOSUM (Henikoff e Henikoff 1992)
Derivano, usando lo stesso metodo usato per quelle PAM, dalla banca dati BLOCKS contenente gli allineamenti delle regioni più conservate di famiglie di proteine.
Per ogni tipo di matrice BLOSUM si eliminano tutte le sequenze che hanno una percentuale di identità superiore ad una soglia.

quindi:
poco divergenti ---> molto divergenti
BLOSUM80 BLOSUM62 BLOSUM45
PAM1 PAM120 PAM250
By Cangrade

Le blosum e le pam sono delle matrici calcolate in maniera empirica per valutare la probabilità di sostituzione tra ogni coppia di aminoacido nei vertebrati.
La differenza principale é che tutte le PAM sono ricavate moltiplicando una matrice iniziale (la PAM1), mentre le BLOSUM vengono calcolate empiricamente una ad una, prendendo dei blocchi di sequenze ad una fissata distanza genetica (es. nelle blosum80 si prendono solo sequenze identiche all'80%, con 20 mutazioni ogni 100 bp).

Non credo che ci siano dei motivi validi per preferire le une o le altre...considera che sono matrici molto vecchie (almeno 10 o 20 anni), che sono ricavate su dati molto generici, e che al giorno d'oggi vengono applicate per confrontare sequenze di batteri così come sequenze umane o di genoma mitocondriale.
In parole povere, sono solo degli standard.. non è detto che abbiano un significato biologico corretto, specie in ogni situazione.
[#8230;]

Quello che devi imparare ad usare, però, è l'indice delle matrici: fai prima un allineamento globale con lalign, prendi il punteggio di identità (non di similarità), e dividilo per la lunghezza media delle sequenze (non occorre faree calcoli precisi).
In base a questo, scegli la BLOSUM con indice più simile (es. se ti viene 80, prendi una blosum80), oppure, una PAM equivalente (considerando che le pam crescono in maniera inversamente proporzionale alle blosum, ossia le pam 250 sono simili alle blosum45 e le pam120 simili alle blosum80).
By dallolio_gm

Fonte:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=6865&SearchTerms=PAM,BLOSUM
PAM di basso indice (es PAM 30) predilige l'identità e quindi è più stringente, ma se vogliamo diminuire la stringenza possiamo scegliere una PAM di matrice più elevata es PAM 70, che predilige invece l'omologia. è chiaro che aumentanto la stringenza aumenta la selettività e viceversa. COn la matrici Blosum è lo stesso discorso solo che quelle di indice più basso es. BLOSUM 20 predilige l'omologia (meno stringente e meno selettiva), mentre BLOSUM 65 predilige l'identità (più stringente e più selettiva). Per la stringenza è anche importante impostare i giusti parametri di GAP PENALITY (inserimento ed estensione)
By Paolo865

Fonte:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=13923&SearchTerms=PAM,BLOSUM
Una piccola precisazione: le matrici identitá sono un concetto di matematica, matrici in cui la diagonale é composta da 1 e il resto degli elementi é 0 (http://en.wikipedia.org/wiki/Identity_matrix).

Probabilmente ti riferivi alle matrici si similaritá come le PAM e le BLOSUM.
Queste sono matrici che ti danno una indicazione di quanto é probabile osservare una sostituzione tra due aminoacidi in un allineamento, e di quale punteggio attribuire ad ogni posizione di una allineamento per calcolare il punteggio totale.

Per esempio, prendiamo la matrice blosum da wikipedia:


questa ti dice che quando confronti due sequenze e, nella stessa posizione, incontri una Ala al posto di una Asn, devi aggiungere -2 al punteggio totale dell'allineamento.

Esempio di allineamento:

Ala-Asp-Ser-Thr
Asn-Asp-Gly-Thr

il punteggio totale di questo allineamento é -2 + 6 +0 + 11 = 15.
By dallolio_gm

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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