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clelia_fea
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2012 : 11:45:12

Salve a tutti !!
Sto lavorando con Rasmol sulla proteina con codice PDB 2UXZ e l'HIV proteasi cristallizzato con un farmaco inibitore. Il farmaco fa 5 legami idrogeno direttamente con la proteina e 3 attraverso molecole di acqua. Come faccio a visualizzare queste interazioni ??? In pi� fa una interazione che dista 2.9 A� con l'aspartato 25, e dovrei visualizzare anche questo . Come faccio ???
Mi potreste aiutare ???
Grazie mille !!!

0barra1
Utente Senior

Citt�: Paris, VII�me arrondissement

3847 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2012 : 11:55:18

Puoi usare la funzione calcola distanza legame H e cliccare sui vari atomi di interesse, selezionandoli a coppie

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

clelia_fea
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2012 : 12:07:01

Bene, grazie mille ... ma in realt� non mi indica in maniera specifica i gruppi del farmaco che interagiscono con la proteina, dice soltanto quello che ho scritto poco fa. Non riesco proprio a venirne fuori

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2012 : 16:36:44

puoi usare il comando Hbond

http://www.chemie.fu-berlin.de/chemnet/use/rasmol.html

in alternativa potresti rappresentare in cpk gli atomi dei gruppi funzionali coinvolti

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

0barra1
Utente Senior

Citt�: Paris, VII�me arrondissement

3847 Messaggi

Inserito il - 26 giugno 2012 : 18:02:43

Il caos con quel comando � che vengono visualizzati tutti gli H-bonds, mi pare.
Di solito io escludevo tutto salvo, per es. il farmaco ed i residui aminoacidici interagenti, quindi calcolavo la distanza del legame idrogeno.
Ma cosa c'entra con genetica?

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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2012 : 00:03:07

Citazione:
Messaggio inserito da 0barra1

Ma cosa c'entra con genetica?

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