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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
 Inserito il - 29 giugno 2012 : 00:12:08
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Mi sono addentrata nel fantastico mondo dei batteri  . Struttura, genoma e cosí via. In particolare, ora, sto approfondendo la questione della "genetica": sto utilizzando lo Snustad (vorrei approfondire ma non saprei bene dove, accetto consigli!) e "studiando" il capitolo La genetica dei batteri e dei loro virus. Pareva tutto chiaro, fantastico l'esperimento di Griffith. Mi son detta: facciamo gli esercizi, vediamo se hai capito! Ebbene, niente. Sono ferma sulla mappatura dei geni con coniugazione interrotta. Ho cercato nel forum e ho trovato diverse discussioni che peró mi hanno confuso le idee perchè da una discussione ne aprivo un'altra e un'altra ancora, Sul libro, c'è un esempio che spiega come localizzare i geni sulla mappa di Coli: in pratica, mi fornisce il tempo di entrata in minuti dei geni marcatori (ho capito bene?). Continuo peró a non capire come ordinarli sul cromosoma circolare. cioè, come faccio a sapere da quale gene inizia il trasferimento? Sullo Snustad ho un esercizio tipo:
Un ceppo F+ con 10 marcatori genera spontaneamente una progenie Hfr ogni volta che il fattore F si integra nel cromosoma del batterio. Dato che il fattore F si puó integrare inj differenti punti del cromosoma circolare, i risultanti ceppi Hfrtrasferiranno i marcatori genetici secondo differenti ordini di sequenza. Per ogninceppo Hfr, l'ordine dei marcatori che entrano in una cellula ricevente puó essere determinato mediante esperimenti di coniugazuone interrotta. Differenti ceppi Hfr prodotti dal medesimo ceppo F+ hanno dato i risultati riportati nella tabella che segue. Determina l'ordine dei marcatori nel ceppo F+.
Ceppo Hfr e Marcatori donati secondo l'ordine
1 ZHER
2 OKSR
3 KOWI
4 ZTIW
5 HZTI
Come fo a determinare l'ordine dei geni se non so da quale partire? Sono un po' confusa. Vi ringrazio!
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Was mingling his with Beauty’s breath —
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Were stalking between her and me.
E. A. Poe |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 09:08:27
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Li allinei tutti, partendo da quello che ti è più comodo e poi li disegni su una mappa circolare! 
Se hai bisogno di maggiori delucidazioni, prometto che ripasso più tardi, ora sono di frettissima!
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 10:32:56
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Li allinei tutti, partendo da quello che ti è più comodo e poi li disegni su una mappa
Non sono certa di aver capito: per allinearli tutti vuoi dirmi che devo scriverli tutti tipo
ZHEROKSRKOWIZTIWHZTI
Poi li disegno su un cronosoma circolare e annullo i doppioni? |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 10:58:46
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I marcatori ordinati che ti dà l'esercizio sono ordinati in base:
- al punto di integrazione del plasmide F nel cromosoma
- all'orientamento di questa integrazione
Però il modo con cui questi geni sono disposti lungo il cromosoma non cambia, e le prove di coniugazione interrotta ti permettono di stabilirlo.
Parti da un gene marcatore a caso, il primo per esempio, cioè "Z".
Ti scrivi l'ordine con coi compaiono i successivi nel primo caso, quindi semplicemente "ZHER", e vai poi a trovare l'ultimo marcatore di questa sequenza (cioè "R") nei casi restanti.
Basta tenere presente che l'orientamento delle integrazioni, e quindi l'ordine di trasferimento, cambiano da caso a caso. Quindi può capitare di dover leggere "al contrario" la sequenza.
Non so se mi sono spiegato! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 11:10:17
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No per allinearli intendo allineare le sequenze tra di loro tipo:
A--B--C--D
B--C--D--E
C--D--E--A
D--E--A--B
E--A--B--C
trovi che la sequenza è ABCDE (che fantasia che ho!  ) e la disegni su un cerchio in cui A ovviamente sarà vicino anche a E.
Noterai che alcune però sono scritte in un verso e altre nell'altro, ad es. potrai avere:
A--B--C--D e E--D--C--B
non puoi allinearle così ma una la devi prima invertire, quindi: E--D--C--B diventa B--C--D--E
e ottieni come scritto sopra:
A--B--C--D
B--C--D--E
Il resto l'ha spiegato Geeko!
Ma sei hai altri dubbi dicci pure. |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 11:37:22
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Grazie ad entrambi, innanzitutto 
In pratica, seguendo le indicazioni di entrambi, nel caso dell'esercizio dovrei avere una cosa del genere:
Z-H-E-R
R-S-K-O
O-W-I-K
Però mi sono bloccata qui perché non ho trovato un altro K "disponibile" nelle altre sequenze. Oppure posso riusarne una già allineata? Mi sto impuntando  |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 11:55:04
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Considera le ultime due sequenze che hai messo cioè RSKO e OWIK, perché le prime due sono giuste.
Ora, l'ultima deriva dal caso numero (3) giusto? Però se vedi bene ci sono due marcatori che si sovrappongono in ordine tra RSKO e KOWI (caso 3).
R-S-K-O
K-O-W-I
Quindi quella "K" stava prima  e continui. |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 12:23:07
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Geeko che pazienza! Ti ringrazio
Ho problemi ad allineare le sequenze, non so perchè non riesco ad usare correttamente il comando per la formattazione. Comunque, ci provo!
Z-H-E-R
R-S-K-O
K-O-W-I
W-I-Z-T
Z-T-I-H
E quindi, l'ordine dei geni dovrebbe essere ZHERSKOWIT. Ho capito qualcosa?
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 12:35:00
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Sì, credo proprio sia l'ordine giusto
C'è una distrazione sullo schema, le ultime due sequenze non sono:
W-I-Z-T
Z-T-I-H
ma
W-I-T-Z
I-T-Z-H
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 13:37:35
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Sí, l'ho scritto sul foglio ma poi ho invertito l'ordine, scusami! Grazie mille, ho capito!
Tuttavia, ho trovato questo esercizietto simile e vorrei chiarire un dubbio: in un esperimento di coniugazione interrotta sono stati ottenuti questi risultati e mi si chiede di determinare l'ordine dei geni partendo dal gene C.
Risultati:
ABEDF
DFCGA
DEBAG
Parto dal gene C e quindi allineo i marcatori in questo modo:
CGADF
DFABE
ABEDG
Vale lo stesso ragionamento di prima? |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 13:49:25
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Se guardi nella sequenza che ottieni così trovi due volte lo stesso marcatore (come "A" o "G"), quindi ci dev'essere qualcosa che non torna.
Il ragionamento è lo stesso di prima, ma ti complicano un pelino la vita con il "partendo dal gene "C".
Io ti consiglio in questo caso di disegnare un cromosoma circolare, mettere la "C" in un punto a caso e disegnare quindi i marcatori che trovi immediatamente alla sua sinistra e alla sua destra, che in questo caso sono:
D-F a sinistra di "C" e
G-A a destra di "C"
Poi inizi ad assemblare gli altri marcatori e scrivi alla fine la sequenza partendo da "C". |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2012 : 18:42:58
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J. ho sistemato i tuoi post, per il resto ti lascio nelle mani di Geeko perché non ho molto tempo oggi.
Per quanto riguarda i tuoi problemi ad usare il comando "code", forse so qual è il problema, sapresti dirmi queste cose:
1) da che dispositivo scrivi e con che browser
2) se si identificarlo qual è il font che vedi nella finestra di risposta, o almeno se è lo stesso che vedi poi nella discussione dopo aver postato o se sono diversi. |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 08:46:26
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
J. ho sistemato i tuoi post, per il resto ti lascio nelle mani di Geeko perché non ho molto tempo oggi.
Per quanto riguarda i tuoi problemi ad usare il comando "code", forse so qual è il problema, sapresti dirmi queste cose:
1) da che dispositivo scrivi e con che browser
2) se si identificarlo qual è il font che vedi nella finestra di risposta, o almeno se è lo stesso che vedi poi nella discussione dopo aver postato o se sono diversi.
GFPina, ciao! Allora, qui in laboratorio da me non possiamo usare i computer e io scrivo o dal mio portatile o dall'ipad: in questi giorni, ieri e anche ora, sto utilizzando l'ipad e quindi safari. Per quanto riguarda il font, è diverso in effetti: non so dirti il nome preciso purtroppo, ma certo è che nella finestra di risposta i caratteri sono piú piccoli.
Per quanto riguarda l'esercizio, mi dispiace rispondere solo ora ma son stata tutta la settimana col libro di Genetica e mi sono ridotta ieri a finire delle relazioni, come sempre!
Comunque, non ho capito una cosa: seguendo il tuo consiglio, Geeko, ho disegnato questo cerchietto ed ho orientato i marcatori come mi hai detto di fare, tuttavia, come faccio ad ordinare gli altri? Se allineandoli trovo dei problemi, qual è allora il metodo da seguire per allinearli sul cromosoma? Io avevo pensato una cosa del genere, non so di che razza di castroneria si tratta, ma ci provo! Dunque, ho scritto il marcatore C su un punto a caso e alla sua destra e alla sua sinistra ho scritto i marcatori che osservavo. Alla destra di C ho G-A, ho fatto seguire a questa A la prima sequenza che era ABEDF; alla sinistra di C, per contro, ho D-F, ho preposto a D la terza sequenza DEBAG, ma al contrario, cioè GABED in modo che questa D si trovasse accanto alla D a sinistra di C (che confusione!). Non ho avuto altre pensate. Batteri
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 09:44:35
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Ho provato anch'io a fare quello che ti avevo consigliato, e ho notato che usando le sole due prime sequenze si risolve l'esercizio e la terza serve solo da conferma.
Citazione:
Io avevo pensato una cosa del genere, non so di che razza di castroneria si tratta, ma ci provo! Dunque, ho scritto il marcatore C su un punto a caso e alla sua destra e alla sua sinistra ho scritto i marcatori che osservavo. Alla destra di C ho G-A, ho fatto seguire a questa A la prima sequenza che era ABEDF
Fermati qui, riprova a fare il disegnino del cromosoma seguendo le tue stesse istruzioni, poi osserva cosa ottieni. Puoi notare che la terza sequenza (DEBAG) è già presente nel cromosoma e con l'ordine giusto!
In generale devi tenere conto di non duplicare nessun marcatore, cioè nel cromosoma trovi solo e soltanto una copia di ciascun marcatore. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 10:38:52
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Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo
GFPina, ciao! Allora, qui in laboratorio da me non possiamo usare i computer e io scrivo o dal mio portatile o dall'ipad: in questi giorni, ieri e anche ora, sto utilizzando l'ipad e quindi safari. Per quanto riguarda il font, è diverso in effetti: non so dirti il nome preciso purtroppo, ma certo è che nella finestra di risposta i caratteri sono piú piccoli
Ah ok, sì in effetti sull'iPad è un problema! Il fatto è che l'unico modo per fare in modo che dei caratteri siano perfettamente allineati è utilizzare un font in cui tutti i caratteri siano esattamente della stessa larghezza, il "courier". Il tag code non fa altro che farti visualizza quello scritto al suo interno in courier, infatti lo vedi diverso dal resto del testo nelle risposte inserite.
Quando apri la finestra di risposta da un PC il font che visualizzi è il courier e quindi non ci sono problemi ad usare correttamente questo comando, ma da iPad il font è diverso, è un Helvetica che non ha questa peculiare caratteristica, quindi quello che tu allinei utilizzando questo font poi viene trasformato il courier e non è più allineato come lo avevi messo tu.
La soluzione del problema per ora non è semplice, anche io da iPad faccio fatica e se devo correggere messaggi cerco di farlo da PC. Comunque l'unico modo è usare lo stesso numero di caratteri anche se mentre scrivi non lo vedi allineato ad es. per allineare ABCDE con DEFGH dovresti scrivere:
ABCDE
(3 spazi)DEFGH
visualizzare l'anteprima della risposta prima di inserirla ti può essere utile per vedere come viene fuori.
Oppure soluzione più semplice, mettilo pure come ti capita e prima o poi passo a sistemarlo! Nell'attesa che il grande capo riesca a sistemare anche questo! |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 12:09:53
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@GFPina: ok, ho capito come devo fare. In effetti, ieri facevo le prove utilizzando il comando "anteprima", ma non riuscivo comunque a sistemare, poi dovevo sbrigarmi e non ci ho perso piú tanto tempo, così ho lasciato il post unpo' disordinato sapendo che tu saresti passata a sistemarlo . Cercehró di usare il pc piú spesso, anche perchè usando l'ipad non ho la barra di scorrimento nella finestra di risposta e credimi è immensamente scomodo!
@Geeko: allooooora, ho disegnato il cromosoma circolare, collocato C e i marcatori alla sua destra e alla sua sinistra cosí come ti avevo detto eliminando i marcatori che comparivano piú d'una volta: è vero, la terza sequenza è una conferma dell'ordine dei marcatori che di fatto è CGABEDF. O almeno cosí credo! |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 12:26:55
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| Sì, risolto |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 13:08:04
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Beh tranquilla, per me non è affatto un problema!
Purtroppo essendo iPad, smartphone e diavolerie varie cose molto recenti alcune cose di un sito decisamente più vecchio, non sono compatibili. Ma cerchiamo di addattarle!
Su iPad non è direttamente visibile la barra di scorrimento nella finestra di risposta, ma l'opzione esiste, basta che tocchi in un punto e tenedo premuto qualche frazione di secondo ti viene fuori una specie di bolla (lente di ingrandimento) senza alzare il dito puoi scorrere in alto e in basso o a sinistra destra come utlizzare la barra di scorrimento, si tratta solo di prenderci un po' la mano!
P.S. divertente però questa discussione in cui io e Geeko di rispondiamo separando i ruoli e le risposte!  |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2012 : 13:58:30
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| Benissimo Geeko, ti ringrazio di cuore! GFPina, quella bolla è la vera diavoleria! Mi fa fare dei pasticci che non immagini, ogni volta che devo scrivere qualcosa in uno spazio ristretto sto sempre attentissima. Ho l'ipad da ormai due anni ma non sono mica riuscita ad imparare , sia maledetta!! |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2012 : 20:44:45
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Sono ancora qui! Cosí, a tempo perso, mi son messa a fare qualche esercizio dal Russel e ho trovato questo:
Citazione:
In E.Coli i seguenti ceppi Hfr donano i marcatori nell'ordine indicato:
Ceppo Hfr e ordine di trasferimento dei geni
1 GEBDNA
2 PYLGEB
3 XTJFPY
4 BEGLYP
Tutti i ceppi Hfr sono derivati dallo stesso ceppo F+. Qual è l'ordine dei geni nel cromosoma del ceppo F+ originario?
Le sequenze 2 e 4 sono palindrome, no? In questo caso, avendo due sequenze che sono praticamente identiche, come procedo nell'allineamento? Se non ho capito male, posso partire da qualsiasi gene, giusto? Cioè, volendo, potrei partire anche dalla sequenza 3 o è un errore? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2012 : 21:22:04
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Non sono palindrome!
Palindroma è una parola (una sequenza) che si legge uguale da sinistra a destra o da destra a sinistra, tipo ANNA.
Due sequenze uguali ma scritte al contrario sono dette "invertite", tipo ABCD e DCBA.
Detto questo, è assolutamente indifferente da che parte parti e che giro fai, orario o antiorario.
Questo è assolutamente a questo
_A____B_ identico _B____A_
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F| |C C| |F
|________| |________|
E D D E
Puoi iniziare dalla sequenza che preferisci, in questo modo scegli un verso (che è arbitrario) poi le altre le inverti o meno di conseguenza. Nel caso di questo esercizio è assolutamente indifferente, comunque ne dovrai tenere due così e invertire altre due.
Scusa avevo guardato male, in realtà ti basta invertirne una!
P.S. non so se hai notato la novità, ma atreliu ha sistemato la finestra di risposta, ora non dovresti avere più problemi neanche da iPad! (e io non sono impazzita per fare il disegnino sopra! ) |
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2012 : 21:36:48
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Non sono palindrome!
[...]
P.S. non so se hai notato la novità, ma atreliu ha sistemato la finestra di risposta, ora non dovresti avere più problemi neanche da iPad! (e io non sono impazzita per fare il disegnino sopra! )
Che svista imperdonabile! Troppo caldo. Grazie, adesso è claro  .
Sì, ho notato e infatti ho pensato di scriverlo! Ma ero presa dalle sequenze invertite e l'ho scordato. Adesso sono dal pc, ma sicuramente in questi giorni mi capiterà di usare il comando per la formattazione: finalmente non dovrò più innervosirmi! Per altro, mooolto OT: ho provato ad usare la bolla/lente dell'ipad per scorrere in finestre dove non mi appariva la barra laterale di scorrimento.. che pasticci! Devo allenarmi bene.
Ho riempito il messaggio di faccine. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2012 : 21:54:49
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Citazione:
Messaggio inserito da JGuardaGliUfo
OT: ho provato ad usare la bolla/lente dell'ipad per scorrere in finestre dove non mi appariva la barra laterale di scorrimento.. che pasticci! Devo allenarmi bene.
In realtà se non vai d'accordo con la bolla, (in effetti scorre velocemente e non è facile domarla! ), c'è un altra opzione: una volta che sei nella finestra di risposta e hai cliccato dentro in modo che appaia la tastiera e vedi il cursore puoi spostarti tranquillamente su e giù puntando il dito (molto delicatamente in modo che non esca l'odiata bolla) e muovendolo su e giù. Attenzione però, funziona solo quando il testo scritto nella finestra è più lungo di quello che riesci a visualizzare all'interno della finestra stessa, altrimenti si sposta tutta la pagina e non solo la finestra.
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JGuardaGliUfo
Utente
Città: Roma
641 Messaggi |
 Inserito il - 01 luglio 2012 : 22:45:13
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Partiranno ufficialmente gli allenamenti per imparare ad usare la "bolla maledetta" ;) grazie dei preziosi consigli! |
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