purificazione di RNA da gel

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spora86
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Inserito il - 10 luglio 2012 : 16:29:08

Ciao, una questione tecnica apparentemente semplice ma che si sta rivelando + problematica di quanto pensassi. Ho bisogno di purificare da gel (agarosio o poliacrilammide, non ha importanza) l'RNA che ottengo mediante in vitro transcription.
Ho provato con un kit disponibile in commercio, Zymoclean RNA recovery kit, (l'unico per purificazione di RNA da gel di agarosio che sono riuscita a trovare!) ma non ha funzionato, perche' l'efficienza di recupero e' molto bassa e il campione e' molto sporco. Ho provato con un altro protocollo trovato su un paper, ma il risultato e' ancora deludente.
Il prossimo step sarebbe provare con la purificazione da gel di poliacrilammide con il protocollo cosiddetto di "crush and soak" che prevede l'eluizione dell'RNA da banda mediante l'uso di soluzioni ad alta concentrazione di sale, ma il limite di questo protocollo e' che posso caricare solo piccole quantita'di RNA su gel, mentre io avrei bisogno di "grandi" quantita'(circa 7 ug) per la mia applicazione successiva.
Ho trovato su internet dei sistemi di electroelution da gel slice (vedi dialyzer tubes) che sembrano essere molto efficienti, sebbene costosi.
Qualcuno di voi ha mai usato questi sistemi di electroelution o lavora su purificazione di RNA da gel e puo' aiutarmi?
Ho dimenticato di dire che il mio RNA e' di circa 500 nt e che dopo purificazione dovrei fare una biotinilazione al 3'!

Grazie mille! :)