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traky89
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 14 luglio 2012 : 15:20:18
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Vorrei avere un chiarimento riguardo questa tecnica. Ho lavorato su un articolo che la usa per valutare come un fattore trascrizionale perde l'attività di legame al DNA in presenza dell'inibitore.
Nell'articolo è mostrata quest'analisi e oltre alla procedura non mi sono chiare altre due cose: in ordinate c'è "% occupancy" e ho un'idea di cosa possa essere ma vorrei una conferma, mentre in ascisse è presente anche un cdna3 che ovviamente dà occupancy 0%. credo sia un controllo negativo, ma un aiuto anche in questo mi farebbe piacere!
grazie mille a tutti in anticipo
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2012 : 17:17:48
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il cDNA3 dovrebbe esser il controllo negativo.
Nel grafico, si vede che in presenza di MDMX (non so se si riferisca ad una proteina, vedendo poi MDM2 direi di si, ma difficile avventurarsi troppo nelle supposizioni non conoscendo il lavoro) l'associazione di p53 con il promotore di p21 decresce, e ancor di più con MDM2.
Nel caso ti servissero delucidazioni sulla co-Ip della cromatina, avevo scritto un breve riassunto qui |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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traky89
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2012 : 17:20:50
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sia MDM2 che MDMX sono due inibitori del fattore trascrizionale p53 che attiva il promotore p21.
ma quindi l'occupancy è in un certo senso la quantità di p53 sul su promotore bersaglio? in questo caso p21? |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2012 : 17:27:27
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| Più che altro è una misura della frequenza con cui una sequenza di DNA, che in questa caso è un promotore, ma potrebbe esser un enhancer, un sito di splicing ecc.è legata dalla proteina in questione. Se parli di quantità di proteina, non prendi in considerazione che la proteina potrebbe formare multimeri vari su una singola sequenza. Ciò che invece vai a misurare è la porzione di sequenze legate. |
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traky89
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3 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2012 : 17:31:07
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Ah ok grazie mille! sei stato gentilissimo!
CIAO! |
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Immunoprecipitazione della cromatica seguita da qPCR
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