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Dr Lopez
Utente Junior
141 Messaggi |
 Inserito il - 15 luglio 2012 : 17:45:22
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Ciao Ragazzi, vi chiedo un piccolo chiarimento... Mettiamo che io abbia davanti a me un foglio bianco con scritta una lunga sequenza di DNA. La domanda che spesso il professore fa è come faccio a capire se è pro od eucariotica e soprattutto come faccio a capire se c'è una sequenza codificante per una proteina... Allora per verificare se è pro o eucariotica vado a vedere se ci sono blocchi con frequenti codoni di STOP , quindi regioni codificanti per proteine tronche e non funzionali, quindi regioni introniche... Quindi so di trovarmi in una sequenza eucariotica... Ma per vedere se c'è una sequenza codificante per una proteina?? Io ho pensato che potrei inserire la sequenza in un vettore e trasformare un batterio per vedere se e quali proteine vengono prodotte, e da lì risalire alla sequenza nucleotidica... E' un'idea strampalatissima??? Grazie :)
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 15 luglio 2012 : 19:31:49
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Io prima di tutto andrei a vedere se c'è un promotore ed un giusto contesto per la trascrizione, poi andrei a vedere se ci sono sequenze kozac o Shine and Dalgarno ( se le contiene sai già la risposta ), a questo punto cerco usando software bioinformatici esoni o introni, ma non per capire se sia pro o eucariotica ma per andare a cercare la proteina visto che alcuni Archea fanno splicing, seleziono quindi gli esoni, traduco, blasto e vedo se in data base è presente.
Il fatto che ci siano piu' o meno stop è sbagliato visto che ci sono dei sistemi di regolazione traduzionale che consistono in piccole ORF a monde della sequenza codificante e potrebbero far confondere (sono chiamate Upstream Oper Reading Frame).
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Dr Lopez
Utente Junior
141 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2012 : 09:23:24
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| Innanzitutto ti ringrazio per la risposta... Allora per quanto riguarda la ricerca di Shine Dalgarno e Kozak hai perfettamente ragione, per quanto riguarda poi la modalità attraverso la quale trovare se c'è o meno una sequenza codificante per proteina, al di là dei software, pensi che l'inserimento della sequenza originaria in un vettore e il successivo trasferimento in un batterio potrebbe essere una strategia valida? perchè noi di software non abbiamo assolutamente parlato, abbiamo solo trattato il clonaggio in vettori, la PCR e le tecniche diciamo "convenzionali"... |
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