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ap86
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Inserito il - 09 agosto 2012 : 22:59:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ap86 Invia a ap86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, ho un problemino con l'elaborazione dei risultati ottenuti mediante real-time. La situazione è questa: mediante retrotrascrizione ho ottenuto i relativi cDNA che, successivamente, ho utilizzato per la real-time. Lo scopo è quello di verificare se c'è una differenza nel livello di espressione (per i geni oggetto di studio) tra i vari campioni. Ovviamente, per ogni campione ho utilizzato lo stesso housekeeping e le varie coppie di primer decise. Purtroppo non ho un campione di controllo da utilizzare per l'elaborazione dei dati secondo il metodo "2^delta delta Cp" (real-time quantitativa). Questo significa che ho a disposposizione solo i valori dell'Hp ed il Cp ottenuto per i vari geni studiati. La sola cosa che posso fare è sottrarre il valore Cp dell'Hp a quello dei vari geni studiati.
Come posso elaborare questi dati e riportarli in grafico?????


GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 10 agosto 2012 : 03:02:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh il controllo in genere lo scegli tu, ad es. poi avere cellule trattate e non trattate e decidi che quelle non trattate sono il tuo controllo...
Comunque sia se non puoi scegliere un controllo puoi benissimo analizzare i dati calcolando il deltaCp tra housekeeping (HK) e il tuo gene (GOI) in questo modo:
R (HK/GOI) = 2^(Cp HK - Cp GOI)
e mettere questi valori in grafico.

In realtà scegliere un controllo ti serve solo per rapportare tutti i valori a 1, il controllo avrà un valore di 1 e i campioni saranno maggiori o minori di 1, in quesro modo vedi meglio di quanto aumenta o diminuisce l'espressione del gene.
Se non puoi scegliere un controllo arbitrariamente (ad es. stai valutando l'espressione di un gene in vari tessuti e non c'è un tessuto che consideri di controllo) puoi dopo aver calcolato i rapporti come detto sopra, scegliere quello più basso e utilizzare quello. Non dovrai far altro che dividere tutti i rapporti per il rapporto più basso e ottieni gli stessi valori che avresti ottenuto con il deltadeltaCp. In realtà non c'è alcuna differenza poi a mettere in grafico i valori normalizzati rispetto ad un controllo o quelli non normalizzati, solo come ti dicevo prima rapportandoli a 1 è più comodo da vedere.
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ap86
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3 Messaggi

Inserito il - 10 agosto 2012 : 12:42:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ap86 Invia a ap86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi hai risollevato la giornata ^_^. Ieri sera ho elaborato i miei dati in questo modo. Finalmente una conferma. Grazie mille!!!!!!

PS. non possono utilizzare un controllo perchè i campioni sono del 2011 -_-"" Tutto quel che ho l'ho utilizzato :(
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 11 agosto 2012 : 18:00:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bene, sono contenta!
Per quanto riguarda il controllo, non importa se i campioni vecchi e hai utilizzato tutto, lo scegli tu in fase di analisi qual è il controllo, dipende da come è disegnato il tuo esperimento!
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ap86
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 11 agosto 2012 : 23:20:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ap86 Invia a ap86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

grazie ancora
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