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 Conosco la target sequence di un siRNA-->dove si appaia?
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bl187
Nuovo Arrivato



6 Messaggi

Inserito il - 29 agosto 2012 : 23:38:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bl187 Invia a bl187 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti.

Qual è lo strumento bioinformatico mediante il quale io posso sapere dove precisamente il mio siRNA si appaia sul messaggero?

NB: Io conosco la target sequence del siRNA e, ovviamente, il mio mRNA.

Grazie mille

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2012 : 09:29:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non so se esistono tool di predizione per i siRNA, però potresti usare uno dei tanti tool di miRNA target prediction alterando opportunamente i parametri (miRanda, TargetScan, RNAHybrid giusto per citarne alcuni). In questo caso dovresti scaricarti il programma e farlo girare in locale invece di usare i servizi web disponibili, in quanto non devi predire i target su una libreria genomica, il tuo messaggero ce l'hai già. Solitamente ti verrà chiesto di produrre in input due file fasta delle sequenze del seed e del messaggero. In output viene prodotto un file di testo con i siti già rankati, ogni programma ha un suo metodo per attribuire il punteggio basato su presupposti differenti (termodinamica, complementarietà, statistica, ...). Se poi della tua sequenza sai già dove mappano le UTR sei a buon punto.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2012 : 09:34:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ah dimenticavo, poi puoi utilizzare il mio sito

http://www.itb.cnr.it/micro/

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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bl187
Nuovo Arrivato



6 Messaggi

Inserito il - 30 agosto 2012 : 11:48:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bl187 Invia a bl187 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille! Gentilissimo.

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