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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra


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Inserito il - 14 settembre 2012 : 17:26:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
attraverso clonaggio posizionale è stato individuato un cDNA correlato a una malattia autosomica recessiva unigenica. il cDNA è in quella regione individuata.
quale tecnica useresti per validare il ruolo del cDNA nella patologia ereditaria in esame?


io non capisco la domanda!!!
non chiedo di darmi la risposta, ma almeno mi aiutate a comprendere cosa posso azzardare? qualche input?

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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



1437 Messaggi

Inserito il - 17 settembre 2012 : 10:25:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
nessuno che sa aiutarmi a capire la domanda?

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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 17 settembre 2012 : 14:32:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io andrei a vedere quale sia la funzione del cDNA identificato, magari iniziando da qualche database. Ciò che mi attendo, o meglio spero, è che sia già stata descritta un'implicazione del trascritto in qualche processo correlato con i difetti riscontrati negli affetti dalla patologia.

So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss

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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



1437 Messaggi

Inserito il - 18 settembre 2012 : 09:56:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie 0barra, è un inizio, ma mi serve qualcosa che sia più scolastico. è una domanda d'esame quindi punta più a farmi applicare qualche tecnica. mettiamo che nel database non c'è.

io in realtà non validerei il ruolo del cDNA nella patologia. quanto cercherei di capire se quel cDNA viene da un trascritto dove la mutazione genera la patologia(credo voglia sapere questo).
concettualmente io farei così(poi se qualcuno mi può dire se c'è una tecnica specifica):
devo risalire al DNA genomico, o ancora meglio al clone che contiene quel frammento(posso fare un walking cromosomico?), non mutato, quindi sano.
dopo di che induco la stessa mutazione. (come? si può fare?) e verifico se quella e solo quella mutazione induce la malattia, in quel caso ho stabilito che il cDNA è correlato alla patologia!!!

più di così non so in che mare nuotare!!!

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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



1437 Messaggi

Inserito il - 18 settembre 2012 : 10:04:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
posso fare una PCR? così amplifico, avrò più materiale da analizzare, farò correre gli amplificati su gel, e avrò una prima idea almeno quantitativa, saprò se il cDNA è più piccolo, o più lungo o è normale, e così poi mettiamo sia più lungo o più corto posso supporre una mutazione che sia correlata alla patologia.
mettiamo che sia più corto, posso aver avuto una delezione in esoni, o splicing errati per esempio. in quel caso analizzo il selvatico, e li correlo.

trovo che c'è la mutazione X mettiamo che è appunto una delezione in un esone per cui il prodotto genico non funziona e suppongo ciò sia correlato alla patologia.
il prof dice che per dire ciò devo attuare una sorta di terapia genica, quindi devo verificare che se correggo quella mutazione, il fenotipo torna normale e quindi sano.

ma da qui in poi come poso fare?
e poi è corretto il tipo di risposta che ho accennato???


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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



1437 Messaggi

Inserito il - 18 settembre 2012 : 10:05:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
cambia qualcosa il fatto che dice che la patologia è ereditaria? devo verificare che non si trasmetta una volta trovato l'errore? devo attuare terapia genica germinale? aiutooooooooooooo

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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



1437 Messaggi

Inserito il - 21 settembre 2012 : 12:37:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

riporto su, magari a qualcuno è sfuggito.....

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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



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Inserito il - 26 settembre 2012 : 19:41:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
.....

so che è contro regolamento chiedere ripetutamente... ma nessuno di voi mi sa dire se vado per la strada giusta???

scusate, io di solito non insisto mai..... però qui è davvero urgente!!!!

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 27 settembre 2012 : 00:15:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Boh a me queste domande lasciano sempre un po' perplessa, potresti in realtà fare 1000 cose e i dati forniti sono pochi per pensare ad un protocollo sperimentale.

Hai individuato un cDNA correlato ad una malattia, ok.
Poi c'è questa frase che mi sembra un po' oscura:
Citazione:
il cDNA è in quella regione individuata.

???

Va beh comunque prima di tutto dovresti capire qual è la funzione di questo cDNA, o meglio del gene.
Come suggeriva 0barra1 puoi fare una ricerca nei database e vedere che cosa si sa di questo gene, se ad es. è presente in altre specie e se si sa la funzione. Puoi andare a vedere se ci sono dei dati di esperssione.
Poi puoi progettare degli esperimenti, tipo silenziare il gene in colture cellulari o fare topi KO.
Puoi anadare ad analizzare i componenti di una famiglia dove c'è questa malattia e studiare il gene per vedere se ci sono mutazioni, ad es. puoi sequenziarlo.
Poi dipende anche dai risultati che ottieni...
ad es. ammettiamo che hai scoperto che gli individui affetti presentano una delezione che dà un prodotto alterato, puoi nel tuo modello (che siamo cellule in coltura o topi) inserire il cDNA mutato e studiare il fenotipo.

La terapia genica la lascerei fuori comunque, perchè tu devi solo capire il ruolo di questo cDNA nella patologia, non è che puoi fare una terapia genica su esseri umani così giusto per vedere cosa succede!
Puoi al massimo, ma dipende dalla patologia, utilizzare delle cellule umane in coltura prelevate dai pazienti e provare a "correggere l'errore" in quelle. Ma questo in genere è più difficle e dipende dal tipo di patologia e dal fatto che le cellule in questione possano essere prelevate o meno.
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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



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Inserito il - 27 settembre 2012 : 10:36:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Boh a me queste domande lasciano sempre un po' perplessa.


anche a me, tant'è vero che non ho mai trovato tutte queste difficoltà per un esame...sono lenta a memorizzare, forse ho problemi con le cose tecniche sono più per i ragionamenti tipo collegamenti quindi sono più portata per biochimica,o fisiologia....
ma fatto sta che non ho mai avuto questi problemi del tipo non faccio l'esame perchè studio ma non so nulla!!!!
intanto quest'esame è così, queste sono domande uscite, che mi sono segnata e che mi hanno passato altri colleghi.

Hai individuato un cDNA correlato ad una malattia, ok.
Citazione:
Poi c'è questa frase che mi sembra un po' oscura:
Citazione:
il cDNA è in quella regione individuata.

???

credo voglia significare: hai fatto clonaggio posizionale e quindi sei giunto alla conclusione che il cDNA è effettivamente di un gene che è nella regione da te individuata.
sai i prof ha detto che il clonaggio posizionale è stato usato perchè non si poteva partire da una "funzione" dato che la mutazione recessiva aveva fatto perdere la funzione. per esempio per isolare Rb. si sapeva che Rb era associato al gene dell'elastina e fu usato questo stratagemma per individuare dove si trovasse Rb. una cosa del genere, l'ha definita clonaggio posizionale(nn ha detto altro,ha descritto i passaggi)
quindi credo che la frase sia una affermazione per dire che la regione è stata"identificata"
ora bisogna solo dimostrare che la mutazione in A per esempio, (se ho individuato il cDNA per A) è causa della patologia A in esame...
chiede quale tecnica useresti, quindi mi chiede di direù: farei un Southern, così otterrei questo e questo e poi farei.....(NON LO SO ALTRIMENTI ABBOZZAVO QUALCOSA, MA PIù DI QUELLA SCRITTO IN PRECEDENZA NON RIESCO A FARE)

Citazione:
tipo silenziare il gene in colture cellulari

io ho avuto quest'altra idea, mi direste se può essere valida?

conosco la tecnica del sequenziamento, quindi io per validare la mia ipotesi che quel cDNA è causa della patologia, farei sequenziamento di soggetto sano e malato(ovviamento della regione individuata) e valuterei le mutazioni.
poi in coltura cellulare indurrei a cellule sane, la stessa mutazione per validare la mia ipotesi dovrò ottenere che con la mutazione indotta, in lab ottengo lo stesso risultato.

risale più o meno a quello che trovo negli appunti, ma secondo voi è corretto? ci saranno migliaia di modi più efficaci ma a livello teorico quello che ho detto ha valore secondo voi?


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prossima biologa
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0625_da_la_fra



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Inserito il - 27 settembre 2012 : 10:38:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
studiare il gene per vedere se ci sono mutazioni, ad es. puoi sequenziarlo.
Poi dipende anche dai risultati che ottieni...
ad es. ammettiamo che hai scoperto che gli individui affetti presentano una delezione che dà un prodotto alterato, puoi nel tuo modello (che siamo cellule in coltura o topi) inserire il cDNA mutato e studiare il fenotipo.




ops non avevo capito lì per lì..... credo sia quello che suggerivii...... speriamo, almeno sono arrivata a una conclusione!!!


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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 27 settembre 2012 : 18:29:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa

credo voglia significare: hai fatto clonaggio posizionale e quindi sei giunto alla conclusione che il cDNA è effettivamente di un gene che è nella regione da te individuata.

Sì, ma mi sembrava un'inutile ripetizione visto che già nella prima frase ti dice che hanno eseguito un clonaggio posizionale!

Comunque la cosa che mi lascia perplessa di queste domande è il fatto che sono sempre troppo generali, lo so che sono fatte per vedere se avete capito le tecniche e se sareste in grado di applicarle.
Ma il fatto è che nella realtà, prima di partire con qualsiasi approccio sperimentale si studia "TANTO", nel senso che si legge tutta la letteratura al riguardo. Partire da una cosa così generale in cui non sai neanche cos'è la patologia in questione o cosa fa, o meglio almeno che sintomi hanno le persone affette è veramente sparare al buio. Almeno sapere, non so ad es. che la patologia danneggia il fegato potrebbe farti pensare a fare gli esperimenti su epatociti.

Va beh comunque tornando a quello che si potrebbe fare, sì potresti partire dal sequenziamento e poi produrti i cloni mutati da transfettare nelle cellule, attenzione però che se nelle cellule hai la proteina wild type, prima devi "eliminare" quella.
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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



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Inserito il - 27 settembre 2012 : 18:34:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ok.... grazie!


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prossima biologa
Utente Attivo

0625_da_la_fra



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Inserito il - 29 settembre 2012 : 11:50:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di prossima biologa Invia a prossima biologa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Sì, ma mi sembrava un'inutile ripetizione visto che già nella prima frase ti dice che hanno eseguito un clonaggio posizionale!

Comunque la cosa che mi lascia perplessa di queste domande è il fatto che sono sempre troppo generali.




se ti posto le altre domande che ho ti metti le mani nei capelli....


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GFPina
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GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 29 settembre 2012 : 12:56:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da prossima biologa

se ti posto le altre domande che ho ti metti le mani nei capelli....

Beh vorrà dire che nel caso fregherò l'avatar di 0barra1!
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