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Gingy88
Nuovo Arrivato

Zenzy


56 Messaggi

Inserito il - 20 ottobre 2012 : 15:42:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gingy88 Invia a Gingy88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
buongiorno a tutti! perdonate la mia ignoranza..ho aperto questa discussione in Bioinformatica perchè il dubbio mi nasce dopo aver confrontato su Uniprot la sequenza di 2 proteine..
so che un anticorpo si lega a una proteina in modo molto specifico...quello che mi chiedo è..se due proteine di specie diverse hanno una sequenza aminoacidica diversa ma si ripiegano in modo molto simile, possono essere riconosciute comunque da uno stesso anticorpo? (secondo me no perchè la struttura terziaria è comunque influenzata dalla struttura primaria..)ma chiedo conferma a voi..grazie..

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 20 ottobre 2012 : 17:09:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Un folding simile (strutture omologhe) presuppone una struttura secondaria/terziaria simile, a prescindere dalla natura specifica della sequenza primaria. In particolare quando si parla di epitopi è l'orientazione spaziale di alcuni residui (indipendentemente dalla sequenza che ci sta sotto) a determinare il legame con l'anticorpo. Inoltre, le interazioni Ab::Ag sono un caso molto particolare e piuttosto critico per fare docking e quindi stabilire se due epitopi sono sufficientemente simili da interagire con lo stesso paratopo. In primo luogo perchè le superfici di contatto sono relativamente "piatte", non presentano concavità pronunciate come in molti altri sistemi recettore::ligando. In diversi articoli si è visto che ad un aumento di affinità dell'Ab corrisponde un aumento di complementarietà con la superficie dell'epitopo, ma questo non è sufficiente. Dal punto di vista energetico, le interazioni elettrostatiche sono importanti ma quelle idrofobiche la fanno da padrone. A complicare ulteriormente il tutto antigene e anticorpo contribuiscono in modo asimmetrico nella definizione delle interazioni di non-legame. In definitiva, due proteine che si ripiegano in modo simile è condizione necessaria ma per nulla sufficiente affinchè siano riconosciute dal medesimo anticorpo, la natura della sequenza primaria conta relativamente. Tutto questo a livello teorico (che è quanto mi compete), nella vita reale non ho idea se si siano riscontrati anticorpi che mappano per più epitopi di proteine diverse.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Gingy88
Nuovo Arrivato

Zenzy



56 Messaggi

Inserito il - 27 novembre 2012 : 19:44:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Gingy88 Invia a Gingy88 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusa il ritardo nella risposta e grazie mille! qualcuno conosce un sito o un software per predire se due sequenze proteiche diverse possono teoricamente essere riconosciute da uno stesso anticorpo?
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2012 : 09:46:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Gingy88

scusa il ritardo nella risposta e grazie mille! qualcuno conosce un sito o un software per predire se due sequenze proteiche diverse possono teoricamente essere riconosciute da uno stesso anticorpo?



Credo che questo genere di conclusioni tu lo debba estrapolare manualmente. Ci sono però diversi tools di epitope prediction che possono aiutarti a trarre conlusioni sensate. Prendi le tue due proteine, predici i possibili epitopi da essse e poi li compari. Esistono molti predittori per epitopi lineari, ma sono orientati verso quei frammenti peptidici presentati dai complessi MHC. Predittori di epitopi conformazionali (che è quello che interessa te) ce ne sono meno. Non mi occupo dell'argomento specifico, però miei colleghi di laboratorio si. Faccio quindi un po' di pubblicità al mio lab

Qui c'è il papero relativo da cui sono partiti alcuni dei nostri progetti
Citazione:
Scarabelli, G., Morra, G., & Colombo, G. (2010). Predicting interaction sites from the energetics of isolated proteins: a new approach to epitope mapping. Biophysical journal, 98(9), 1966–75. doi:10.1016/j.bpj.2010.01.014

...e qui c'è il relativo servizio
http://158.109.215.216/upload.php?UserName=103
Provalo e fammi sapere, al limite ti dò (via PM) i contatti degli autori per altre info

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Mat
Nuovo Arrivato



85 Messaggi

Inserito il - 20 dicembre 2012 : 21:13:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Mat Invia a Mat un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova questo...
http://gpcr.biocomp.unibo.it/ispred/
Però non l'ho mai usato
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 21 dicembre 2012 : 09:43:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Mat

Prova questo...
http://gpcr.biocomp.unibo.it/ispred/
Però non l'ho mai usato



Di tool per la predizione di siti di interazione ce ne sono a vagonate sul web (con relative vagonate di approcci diversi). Il fatto è che nel dettaglio l'interazione antigene/anticorpo è un caso molto particolare, in cui si genera una forte affinità di binding nonostante le superfici di interazione non diano evidenze lampanti di complementarietà sia chimico-fisica che geometrica. Usare un "tradizionale" predittore di siti porta spesso a fornire una nutrita lista di epitopi candidati sulla molecola antigenica, di cui però l'epitopo reale spesso non è il sito all'apparenza più favorito.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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