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midichloria
Nuovo Arrivato
75 Messaggi |
 Inserito il - 18 novembre 2012 : 15:46:06
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Esiste qualche programma su internet che, inserendo una sequenza nucleotidica, mi dica tutti i siti di restrizione presenti??
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 18 novembre 2012 : 16:35:10
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Sì, ce ne sono tantissimi!
Io in genere utilizzo questo: RestrictionMapper |
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guerrino
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2012 : 11:48:46
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Buongiorno colleghi e amici,
nella sezione sequence info ho inserito la sequenza di un intero genoma, ma il sito da errore, ho inteso male i messaggi? cosa mi consigliate di fare? Ci sono altri servizi online per analizzare i siti di restrizione di un genoma intero (nel mio caso batterico)?
grazie |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2012 : 12:02:55
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Domanda sciocca: hai provato ad inserire "spezzoni" consecutivi dell'intero genoma, separatamente?
Es: 0-250000 bp, 250000-500000 bp...
Forse il programma ha difficoltà a gestire ed elaborare la mole di dati, che suppongo sia considerevole.
Qualora il mio consiglio desse i frutti sperati, ricordati di controllare che separando in tronconi la sequenza tu non abbia interrotto qualche sito di restrizione. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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guerrino
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2012 : 12:09:56
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Grazie Obarra1, verissimo, mettendo poche basi l'analisi la fa, il probelma è però la lunghezza del genoma, si può fare su interi? Mi conviene fare l'analisi con un ricerca parola all'interno di un software di testo?
Grazie ancora! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2012 : 14:51:11
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Un software del genere che non permette di fare l'analisi su genomi interi a mio avviso è sviluppato male e non meriterebbe nemmeno di essere menzionato  .
Fatta questa premessa ci possono essere delle attenuanti del caso, dovute al fatto che un servizio online dovrebbe gestire le proprie risorse in modo parsimonioso. La versione standalone del programma comunque non dovrebbe presentare queste limitazioni.
Tornando al tuo problema usare un software di testo (anche solo vi) non credo sia adeguato, anzi credo proprio che un approccio simile lo imballerebbe. Alla grezza potresti parsare il tuo file plain-text con un comandino tipo grep; se invece sei in grado di scrivere uno scriptino il problema è già risolto senza rischiare di crashare nulla: Perl o Awk sarebbero l'ideale per questo genere di task. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2012 : 10:33:55
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ho una domanda più didattica sempre inerente ciò. io so che c'è un enzima che si utilizza per riconoscere se la sequenza di DNA è un gene, perchè devo trovare le isole CpG- ma so da appunti che l'enzima è ApaII ma non riesco a trovare la sequenza di taglio. non sarà di certo CG
come posso fare?
inoltre ricerco enzima ApaII ma non trovo nulla, qualcuno mi piuò correggere se l'enzima non è esatto???
grazie
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