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masna
Nuovo Arrivato

chromosome


74 Messaggi

Inserito il - 27 novembre 2012 : 19:50:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di masna Invia a masna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho finito di tradurre e studiare un articolo da pubmed per un esame, e studiando le varie tecniche mi sono sorti alcuni dubbi.
Vorrei elencarli tutti in questo thread, e ringraziare anticipatamente chiunque avrà voglia di darmi una mano a dissiparli.
Premetto che sono uno studente della triennale, quindi saranno tutti dubbi dovuti alla poca esperienza.

1) Allora, alla fine del paragrafo riguardante una q-PCR, c'è scritto: PCR reactions were checked by omission of templates, by melting curves and by agarose gel electrophoresis.
Non capisco in cosa consiste questo passaggio. Sono dei controlli? Potreste spiegarmi la logica dell'effettuare questi 3 passaggi dopo la q-PCR?


2) Questo riguarda un paragrafo sull'immunoistochimica.
“For quantitative analysis of staining pattern, the Histo-Score adapted from Bruna et al. was applied [27]. The score ranges from 0 to 300 and is calculated as the percentage of weakly stained cells plus the percentage of moderately stained cells multiplied by two plus the percentage of strongly stained cells multiplied by three.”

Cos'è lo “score range”? Non riesco a capire a cosa serva, e di conseguenza non riesco neanche a capire a cosa serva la formula che segue....



3)Il terzo dubbio riguarda la citometria a flusso, che purtroppo non ho avuto modo di studiare con un professore, e arrangiandomi da solo certe cose possono risultare molto ostiche.
In particolar modo non ho ben capito come leggere un citogramma.
Di seguito ho estratto un'immagine dal lavoro che sto studiando.
Le cellule in esame sono cellule di glioblastoma, ed è stato effettuato un'analisi del ciclo cellulare su cellule di glioblastoma, prima e dopo il trattamento con DZNep, che è un inibitore della metilazione istonica (da parte della proteina presa in esame nello studio, sospettata di essere coinvolta nel mantenimento del tumore).
A quanto ho capito, la nesina è espressa durante la fase di proliferazione cellulare, e la sua presenza è indice di cellule in attiva proliferazione.
In particolare, citando wikipedia “L'espressione di nestina viene reindotta nell'adulto in situazioni patologiche, come la formazione della cicatrice gliale dopo danno al SNC e durante la rigenerazione di tessuto muscolare danneggiato.
Quello che non capisco, è cosa dimostrano questi grafici.
Nel lavoro, dice per l'appunto che il trattamento con DZNep mostra una downregolation della nestina usato come marker per le cellule staminali, però non riesco a capire come si possa dedurre dal grafico.

Immagine:

19,83 KB

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2012 : 00:53:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma perchè dovete sempre tradurre gli articoli?

Vabbè...
Comunque:
1) sono tutti controlli
- senza campione è il controllo negativo, serve per controllare che non ci sisno contaminazioni nei reagenti utilizzati
- l'analisi delle curve di melting ti consente di verificare se il tuo amplificato è specifico e se hai amplificati aspecifici o dimeri di primers che ti danno un segnale
- la semina su gel è un ulteriore controllo, vedi se la lunghezza delle bande è corretta, e hai aspecifici e se hai dimeri di primers
solo gli ultimi due si fanno dopo la PCR, ilcontrollo negativo lo fai assieme ai campioni

2) non avendo lettol'articolo non so cosa facciano esattamente, però calcoleranno la quantità di marcatura come indice quantitativo (non so esattamente di cosa, non avendo letto tutto l'articolo).
comunque non c'è scritto lo " score range" ma "score ranges" ovvero "il punteggio va da 0 a 300".

3) anche qui non so bene cosa dica, comunque sull'asse delle ascisse hai la nestina che aumenta, nel primo grafico vedi che la maggior parte delle cellule (80,02%) sono raggruppate a destra (alti valori di nestina), mentre nel secondo grafico hai due gruppi circa uguali di cellule a valori più alti (dx) e a valori più bassi (sx). in sostanza quello che vedi è un aumento del numero di cellule a valori bassi di nestina, quindi cellule che non proliferano.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2012 : 07:44:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Giusto qualcosa in più sul FACS: sull'asse y hai il forward scattering che è una misura indiretta del volume cellulare (vedi http://en.wikipedia.org/wiki/Flow_cytometry ).

Nel grafico ciascun puntino rappresenta una cellula.

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masna
Nuovo Arrivato

chromosome



74 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2012 : 08:18:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di masna Invia a masna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille ragazzi, siete stati davvero gentilissimi, anche solo leggersi tutta questa roba richiedeva una grande pazienza!
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