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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
 Inserito il - 08 gennaio 2013 : 18:50:14
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Ciao ragazzi,
ho un problemino, non riesco a comprendere bene le variazioni strutturali della molecola di DNA.
Mi riferisco in particolare alle posizioni dei piani su cui giacciono le basi. Il mio testo di Biologia Molecolare non ne parla in maniera dettagliata - e purtroppo gli appunti che ho raccolto dal mio docente sono piuttosto vaghi.
Per "fortuna" non ci siamo soffermati piů di tanto su questa parte, ma siccome se non capisco un concetto mi č difficile memorizzarlo.. E' importante che risolva questi dubbi!
Grazie in anticipo a chi dovesse leggermi!
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Veniamo a noi: partiamo dalla doppia elica del DNA.
Per convenzione, c'č un angolo, detto di "twist", che č l'angolo di rotazione tra il piano di una coppia di basi e il piano della coppia di basi successiva. Questo angolo č approssimativamente pari a 36°, in accordo con il principio che :
1 giro completo d'elica = circa 10 nucleotidi
Infatti, 36° * 10 = 360°, cioč un giro completo.
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Ora, questo angolo di twist non č sempre identico per tutte le basi: infatti, dipende dalla sequenza di nucleotidi nell'ambito dell'elica.
Ad esempio, guardando un solo filamento, se dopo C abbiamo G, stiamo mettendo una purina dopo una pirimidina. Questo fatto si traduce in un peggiore impilamento di "stacking idrofobico" tra le basi, per cui le interazioni tra gli anelli aromatici sono piů fiacche e potenzialmente destabilizzanti.
Per recuperare stabilitŕ, si crea una serie di particolari movimenti (traslazioni e/o rotazioni) dei nucleotidi in sequenza. Per cui, nell'ambito di un'ideale sequenza nucleotidica, il nucleotide 2 non si trova semplicemente "twistato" di 36° rispetto al precedente, ma potrebbe assumere una posizione leggermente differente, con un'angolazione diversa.
In particolare, si possono avere roll oppure slide.
E' esatto?
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Inoltre, credo di aver capito che il "piano su cui giacciono due basi azotate complementari" sia un concetto sbagliato.
Cioč, le due basi complementari non giacciono esattamente sullo stesso piano, ma bensě su piani che sono leggermente sfalsati di un angolo detto "propeller twist" ("pala d'elica"). Valore di quest'angolo č di circa 36° e il suo ruolo contribuisce a migliorare il problema dello scarso stacking che si crea, come giŕ descritto prima, quando la coppia di nucleotidi differenti non dovesse essere identica.
E' giusto?
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Se possibile, date un'occhiata a quel che ho scritto e ditemi se ci sono castronerie. :P
E inoltre, se doveste disporre di slides (anche in inglese) molto chiare al proposito, ve ne sarei grato! Ho trovato alcune informazioni online (per lo piů da facoltŕ di biotecnologie) ma non credo d'averci capito molto.
Saluti!
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Geeko
Utente
Cittŕ: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 08 gennaio 2013 : 22:21:12
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Come sempre č un piacere leggerti Gron :)
Peccato..io non ti posso aiutare |
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2013 : 12:38:52
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Ciao Geeko, grazie dell'incoraggiamento :D
Purtroppo di risposte non ne sono arrivate, vedo.. Se non altro, mi pare di aver capito che tutto quel che ho scritto nel post precedente non dovrebbe esser errato. ^^
Magari potrŕ tornare utile a qualcun altro - poi se dovesse passare un utente che ne sa qualcosetta in piů, tanto meglio!
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GFPina
Moderatore
Cittŕ: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2013 : 16:25:08
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E' un po' meno di 36°, infatti dopo 10 nucleotidi non ti trovi esattamente nello stesso punto, 36 č una approssimazione per eccesso per dire che in un giro d'elica ci sono circa 10nt.
Comunque, io non ho un grande amore per queste cose, quindi piů che provare a spiegarti qualcosa preferisco linkarti questo file, sperando che dissolva tutti i tuoi dubbi.
http://137.204.163.138/nanobio/CurvatureFlex11_4up_nomovies.pdf
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2013 : 22:21:29
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Grazie davvero della partecipazione, GFP! 
Si, avevo trovato anche io quella slide, perň devo ammettere che quella "illuminante" č stata questa - anche se prima di capirci qualcosa, ho dovuto leggerne diverse altre. (Sorvoliamo sul fatto che abbia bucato un post-it con una penna per simulare rotazioni e traslazioni attorno ad un asse  )
Eccola:
Link1
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Un'altra carina č questa, l'immagine č pure simpatica (ma ammetto che se non avessi letto gli altri articoli, mi avrebbe gettato nel panico, perché č un po' dozzinale e io son una lumaca a capir le cose se i disegni sono troppo striminziti):
X
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Tra l'altro, la conferma che i 36° di "twist" siano un valore approssimato, diciamo "medio" (come dice GFP) la si trova con questo grafico che č proprio la ciliegina sulla torta (e che ho odiato fino all'ultimo momento perché non sapevo come leggerlo  ) :
Grafico
Praticamente, se seguite la linea "piů in basso" partendo dall'estrema sx, vedrete che il valore di angolo di twist relativo alla sequenza CG č di circa 30°, poi per la sequenza GC schizza a 40°, poi per CG ritorna a 30°.. Insomma, oscilla a seconda della sequenza di basi e solo in alcuni casi č veramente 36°, tipo AA.
Per "sequenza" intendo che su uno STESSO strand, le due basi in successione sono (ex.) CG.
Ma comunque, 36° č piů o meno la via di mezzo tra 30 e 40, di qui l'approssimazione.
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La pala d'elica (propeller twist) č invece relativa alle due basi complementari che costituiscono UNA coppia di basi. Anche qui, curiosamente, il valore dell'angolo č di 36° ma non c'entra niente con il normale "twist" di cui parlavamo sopra.
O meglio, non č che non c'entra proprio (perché si tratta comunque di un aggiustamento della struttura volto a migliorarne la stabilitŕ) ma č un'altra cosa.
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Geeko
Utente
Cittŕ: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2013 : 22:25:46
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| In realtŕ per puro caso mi č capitato tra le mani un libro in biblioteca incentrato interamente sugli acidi nucleici e di questi aspetti di chimica strutturale ne parla...purtroppo non ricordo il nome, appena lo ribecco ti scrivo le coordinate per trovarlo XD |
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2013 : 15:46:46
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Errata corrige xD
L'angolo di propeller twist č di 5-25°. Le slide di GFP dicono 10-20°, quindi si trova piů o meno.
NON č di 36° comunque.
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Strutture alternative del DNA: twist, roll, slide. (?)
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