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Mat
Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 31 gennaio 2013 : 15:47:34
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Buongiorno a tutti,
sto analizzando una proteina a struttura e funzione sconosciuta, abbiamo solo dati di espressione tramite real time e dati da western (però molto preliminari). Stiamo in parallelo cercando di capire che fa e come è fatta questa proteina. Da analisi bioinformatiche abbiamo notato la probabile presenza di un peptide segnale (e ci sta in quanto sembrerebbe una proteina di membrana a singola elica con l'N-terminale extracellulare), la lunghezza di questo peptide è diversa a seconda del software, ma comunque nei primi aminoacidi (1-16;1-18, 1-29, 1-29, 1-31 sono i risultati dei 5 software analizzati). La seconda parte dell'analisi si è basata sulla predizione della struttura secondaria. Le mie domande sono: il peptide segnale viene SEMPRE rimosso? Nell'analisi della struttura secondaria e della presenza di regioni transmembrana devo inserirlo od eliminarlo? Nell'analisi della predizione della funzione (alcuni software la fanno anche se secondo me l'affidabiltà di questa predizione è relativamente limitata) quanto può influenzare la presenza o meno del peptide segnale?
Ne approfitto, scusate, per porre un quesito che ho già posto in "tecniche": il software "prosite" ritrova delle sequenze probabilmente soggette a miristoilizzazione, esiste un protocollo per verificare realmente il legame con l'acido miristico? 
Lasciandovi con questa tempestata di domande, vi saluto e ringrazio per l'attenzione, in attesa di numerose risposte....
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kORdA
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Maturazione proteina.
Didattica
Inserito il - 31 gennaio 2013 : 18:13:31
