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Mat
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85 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2013 : 15:47:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Mat Invia a Mat un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buongiorno a tutti,
sto analizzando una proteina a struttura e funzione sconosciuta, abbiamo solo dati di espressione tramite real time e dati da western (però molto preliminari). Stiamo in parallelo cercando di capire che fa e come è fatta questa proteina. Da analisi bioinformatiche abbiamo notato la probabile presenza di un peptide segnale (e ci sta in quanto sembrerebbe una proteina di membrana a singola elica con l'N-terminale extracellulare), la lunghezza di questo peptide è diversa a seconda del software, ma comunque nei primi aminoacidi (1-16;1-18, 1-29, 1-29, 1-31 sono i risultati dei 5 software analizzati). La seconda parte dell'analisi si è basata sulla predizione della struttura secondaria. Le mie domande sono: il peptide segnale viene SEMPRE rimosso? Nell'analisi della struttura secondaria e della presenza di regioni transmembrana devo inserirlo od eliminarlo? Nell'analisi della predizione della funzione (alcuni software la fanno anche se secondo me l'affidabiltà di questa predizione è relativamente limitata) quanto può influenzare la presenza o meno del peptide segnale?
Ne approfitto, scusate, per porre un quesito che ho già posto in "tecniche": il software "prosite" ritrova delle sequenze probabilmente soggette a miristoilizzazione, esiste un protocollo per verificare realmente il legame con l'acido miristico?
Lasciandovi con questa tempestata di domande, vi saluto e ringrazio per l'attenzione, in attesa di numerose risposte....

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2013 : 18:13:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per fare predizioni strutturali la sequenza segnale dovrebbe venire eliminata.

Per quanto riguarda i siti di miristilazione non saprei se esiste un protocollo da wetlab, non me ne intendo. Sicuramente se devi allestire un modello ti consiglio molto caldamente di cominciare con il modellare la sequenza amminoacidica.

A tale proposito c'è un thread piuttosto recente

http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?whichpage=1&TOPIC_ID=25786#133489

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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