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 Mappa genetica in E. Coli
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Eranthe
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Inserito il - 31 gennaio 2013 : 16:37:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Eranthe Invia a Eranthe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti!
Sto studiando per lo scritto dell'esame di genetica e c'è un esercizio sul quale proprio non riesco a sbloccarmi. Ho cercato sul libro e su vari siti internet, ma...niente!

Vi riporto il testo, qualora poteste aiutarmi, ve ne sarei molto grata.

"Viene condotto un esperimento in E. Coli per mappare 5 geni differenti, utilizzando 3 ceppi Hfr. I marcatori genetici sono bio, met, phe, his, trp. I ceppi Hfr trasferiscono questi geni ai tempi indicati qui sotto. Costruisci una mappa genetica del cromosoma di E. Coli, che includa tutti e 5 i marcatori, le distanze genetiche tra geni adiacenti (considerandole due a due) in minuti e l'origine e la direzione del trasferimento di ciascun Hfr. Completa la tabella.

Marcatori Hfr1: bio met phe his
Tempo di ingre: 26  44  66  ?

Marcatori Hfr2: phe met bio trp
T             : ?   26  44  75

Marcatori Hfr3: phe his ?   bio
T             : 6   27  35  ?     ".


Per quanto riguarda la costruzione della mappa a livello di ordine di geni, non dovrebbe esserci problema: è una mappa circolare e l'ordine al quale avevo pensato è "bio met phe his trp". Il mio problema sono i numeri... non ho proprio idea di come/dove io possa ricavarmeli.

Se servono ulteriori informazioni o non sono stata chiara... sono qui! :)

Francesca.

GFPina
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GFPina

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Inserito il - 01 febbraio 2013 : 09:13:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
I numeri sono i "tempi di ingresso", ma sono semplicemente dei "numeri", non capisco quale sia il tuo problema.
Se il gene A entra dopo 10 minuti e il gene B dopo 15 minuti la loro distanza sarà "5 minuti".
Ora prova ad indicare tu la mappa.
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Eranthe
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Prov.: Roma
Città: Roma


7 Messaggi

Inserito il - 01 febbraio 2013 : 11:38:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Eranthe Invia a Eranthe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma come faccio a completare lì dove mi chiede (?) di completare sulla tabella con i minuti di ingresso per quel marcatore?
Ad esempio, per Hfr1, his mi chiede il tempo di ingresso. In base ai dati forniti dall'esercizio, come posso ricavarmi quel numero?

Francesca.
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GFPina
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GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 01 febbraio 2013 : 16:26:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma scusa è esattamente lo stesso ragionamento che ti ho fatto prima, basta invertire i fattori!
Se sai che A e B distano 5 minuti e sai in che ordine sono, basta sapere che A entra a 10min. per sapere che B entrà a 15 minuti (ovvero 5 minuti dopo A).
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Eranthe
Nuovo Arrivato

Prov.: Roma
Città: Roma


7 Messaggi

Inserito il - 02 febbraio 2013 : 12:23:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Eranthe Invia a Eranthe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusami, non è che ho le idee così chiare.
Quando hai un minuto, non è che potresti aiutarmi con la soluzione? Magari quella "mi illumina" :)

Francesca.
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 02 febbraio 2013 : 17:50:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dai alemo provaci!
Hai scritto già l'ordine dei geni:
Citazione:
l'ordine al quale avevo pensato è "bio met phe his trp".

Ok quello è corretto, ricordati sempre che la mappa e circolare, quindi dopo l'ultimo gene ricomincia.
Visto che sul forum disegnare una mappa circolare e un po' complicato ripetiamo il promo gene in fondo giusto per intenderci, quindi scriviamo la mappa così:
bio-----met-----phe-----his-----trp------bio

a questa poi aggiungeremo le distanze.
Inizia con i dati che hai e calcolati le distanze tra i geni da mettere nella mappa, ad es. dal primo ceppo Hfr hai:
Marcatori Hfr1: bio met
Tempo di ingre: 26  44

quindi la distanza tra bio e met è...
trova il valore (ti ho già detto come fare) e scrivilo nella mappa tra bio e met, poi fai lo stesso per gli altri.
Avrai una mappa con tutte le distanze e l'ordine dei geni e da quella potrai dedurre quello che manca nella tabella.
Dai prova e scrivi qui i tuoi risultati, non è difficle!
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Eranthe
Nuovo Arrivato

Prov.: Roma
Città: Roma


7 Messaggi

Inserito il - 03 febbraio 2013 : 18:21:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Eranthe Invia a Eranthe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Probabilmente è una cavolata colossale e io non la capisco.

Marcatori Hfr1: bio met phe his
Tempo di ingre: 26 44 66 ?

Marcatori Hfr2: phe met bio trp
T : ? 26 44 75

Marcatori Hfr3: phe his ? bio
T : 6 27 35 ?

Tra met e bio è 18, no? e così via... met e phe è 22. poi, ho calcolato i tempi per gli altri marcatori, ma come faccio a calcolare his (per Hfr1), phe (per Hfr2) ed infine bio (per Hfr3)?
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 03 febbraio 2013 : 20:14:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì è veramente molto banale, sembra un giochino da settimana enigmistica.

I suggerimenti per risolverlo te li ho dati nelle mie prime due risposte:
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Se il gene A entra dopo 10 minuti e il gene B dopo 15 minuti la loro distanza sarà "5 minuti".
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

Se sai che A e B distano 5 minuti e sai in che ordine sono, basta sapere che A entra a 10min. per sapere che B entrà a 15 minuti (ovvero 5 minuti dopo A).


Ora, come ti ho detto la prima cosa che devi fare è stabilire l'ordine dei geni, e questo l'hai fatto e abbiamo ottenuto questa mappa:
bio-----met-----phe-----his-----trp------bio

Poi devi calcolrati le distanze basandoti "solo" sui dati certi, quindi quello che hai fatto ora:
Citazione:
Messaggio inserito da Eranthe

Tra met e bio è 18, no? e così via... met e phe è 22. poi, ho calcolato i tempi per gli altri marcatori...

a quesro punto scrivi le distanze nella mappa in questo modo:
bio--18--met--22--phe-----his-----trp------bio

metti anche gli altri che hai calcolato.
Se oltre che su un foglio li scrivi anche qui mi fai un piacere, almeno ci capiamo.
E hai TUTTI i dati che ti servono!
Non si tratta altro che fare delle somme (o delle sottrazioni) per vedere il tempo a cui entrano i geni che non sono indicati in tabella, guarda che non è affatto nulla di complicato.
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