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albertos
Nuovo Arrivato


Prov.: livorno
Città: livorno


26 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2007 : 19:56:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di albertos Invia a albertos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti sto studiando la mappatura dei genomi ed il loro sequenziamento.
Non ho molto chiaro le differenze tra la mappa di associazione, la mappa fisica e la mappa di sequenza, che cosa si mappa in ognuna. Ho dubbi sul perchè si debba partire dalla mappa di associazione procedendo poi con quella fisica e solo ora quella di sequenza?
Sono un po confuso perche pensavo che per il sequenziamento di un genoma bastasse preparare una genoteca che coprisse tutto il genoma e poi si sequenza tramite subclonaggio dei cloni casualmente tutti i frammento e i dati si inseriscono in un compiiuter che tramite un programma apposito unisce le sequenze complementari.

E dunque per me bastava solo questo per sequenziare tutto il genoma, e da qui poi(dalla seq. di basi) si ricavano STS SNP e gli altri marcatori..
Su cosa sto sbagliando?

Grazie, Alberto



chiarwen
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Roma


28 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2007 : 21:35:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chiarwen Invia a chiarwen un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao!
suppongo che sequenziare un intero genoma ti serva a poco se non hai almeno una vaga idea di dove si possano all'incirca trovare i geni... sì, puoi cercare ORFs e putativi promotori, ma vuoi mettere con il sapere già le distanze relative di almeno parte dei geni? ti aiuterebbero per sapere dove andarli a cercare, più o meno, cosa cercare, o magari, che ne so, quando poi sequenzi puoi selezionare in una library per un tratto che contiene quel gene...
cmq una mappa di associazione è una stima della distanza tra due geni in base alla frequenza con cui segregano insieme (insomma è quella che stimi calcolando la frequenza di crossing over) ed è espressa in centimorgan(cM). il problema di questa mappa è che non puoi usarla per geni troppo distanti tra loro, perché una frequenza superiore al 50% non puoi sapere se è dovuta al fatto che i geni sono sullo stesso cromosoma ma lontani più di 50 cM o se siano su cromosomi diversi. invece con le mappe fisiche puoi stimare distanze anche più lunghe, in bp (ci sono varie tecniche, vedi http://www.summagallicana.it/Volume2/B.XVIII.08.4.htm ). La mappa di sequenza è la mappa più dettagliata che puoi avere perché ti riporta ogni singolo nt e la sequenza dei geni e delle regioni intergeniche. Spero di aver dato un quadro utile, anche se forse un pò sommario....
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