Forse il problema è che lasci ritorni a capo con spazi vuoti, questo è un mio esempio di .pir:
>P1;patch
sequence: : : : : : : : :
DIKMTQSPSSMYASLGERVTITC/SYPAGNVESTGSAGEPLYENSPEFTPYLETN*
>P1;clean
structureX:clean.pdb:1:A:54:B: : : :
DIKMTQSPSSMYASLGERVTITC/SYPAGN--------EPLYENSPEFTPYLETN*
Inoltre, per evitare fraintendimenti il file pdb del templato normalmente lo pre-processo in modo tale che la numerazione dei residui sia progressiva e continua, mentre il nome delle catene sia riformattato come A, B, C etc. (perlomeno è questo il formato che poi Modeller ti sputerà fuori)
Utilizzazione di Modeller
Guide tools online
Inserito il - 20 febbraio 2013 : 17:02:11
con il software modeller possiamo parlare anche attraverso skype fatemi sapereee
p53.txt
