Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 09 febbraio 2007 : 00:58:35
|
Allora, in questa tecnica, si può risalire alla struttura della molecola, grazie alla densità elettronica che è collegata all'intensità della luce diffratta (scattering).
Ora, il problema è come passare dall'intensità di luce diffratta alla densità elettronica.
Quest'ultima dipende da una componente scalare (Fattore di struttura) e da una componente vettoriale (Angolo di fase).
A sua volta, anche il fattore di struttura si divide in una componente scalare e una vettoriale.
Da quello che ho capito, il fattore di struttura dovrebbe rappresentare l'intensità, mentre l'angolo di fase dovrebbe darmi informazioni sull'orientazione, le coordinate dei gruppi nello spazio.
Ora questi concetti non mi sono chiarissimi, soprattutto quando si crea il problema dell'angolo di fase che non conosciamo.
In questo caso, non siamo in grado di definire la densità elettronica e quindi la struttura e si interviene col replecement isomorfico.
Qualcuno può chiarirmi tutta questa parte teorica della cristallografia a raggi X?
|
 
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 11 febbraio 2007 : 23:58:12
|
Grazie, darò un'occhiata!
Speriamo di capirci qualcosa! |
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
 |
|
|
Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2007 : 01:17:51
|
Avevi ragione, la cosa è abbastanza complicata...ma proviamo a portare un po' d'ordine.
Provo a riassumere le cose che ho capito, se qualcuno dopo può intervenire gliene sarò grato!
Allora, l'intensità di diffrazione dipende dalla densità elettronica, ma maggiore è quest'ultima, maggiore è l'intensità.
Ora, per risalire alla struttura della molecola, dobbiamo calcolare la densità elettronica.
Questa dipende da:
1) Intensità di diffrazione (direttamente proporzionale al Fattore di struttura): componente scalare
2) Angolo di fase: componente vettoriale
Il Fattore di struttura, a sua volta, dipende da una componente scalare (fattore di scattering atomico, tipico di ogni elemento) e da una componente vettoriale (la proprietà strutturale che ci da informazioni sulla posizione).
L'angolo di fase, in base al link che mi hai dato, potrei spiegarlo così: quando le onde sono diffratte dal cristallo, originano degli spot, dei segnali sul rivelatore.
Ogni segnale rappresenta un'onda con una ampiezza e con una fase relativa.
Ma quello che accade è che i fotoni vengono riflessi dal cristallo in differenti direzioni, con una probabilità proporzionale al quadrato dell'ampiezza di quell'onda.
Contiamo i fotoni e perdiamo l'informazione sulla fase relativa delle differenti diffrazioni.
Da qui si dovrebbe capire il problema della fase, ma il vero problema è che non ci hanno mai spiegato alcuni concetti fondamentali, come ad esempio: cos'è la fase relativa in questo caso? Perchè i fotoni vengono riflessi in varie direzioni?
Ma forse manca proprio una semplice definizione di "Fattore di struttura" e "Angolo di fase"... |
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
|
|
|
Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2007 : 14:08:40
|
Aggiungo un'altra cosa, che spero possa servire a qualcuno per rispondere a questi dubbi.
Per risolvere il problema di fase, si può usare il replacement isomorfico.
Praticamente si immerge il nostro cristallo in una soluzione contenente atomi pesanti (Au, Hg, Pt).
Questi hanno una densità elettronica molto forte e quindi lo sarà anche l'intensità di scattering e i segnali non ci confonderanno con quelli del nostro campione.
Ora, usando quindi questi come coordinate, posso risalire alla struttura del mio campione.
Ma come avviene questo?
 |
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
|
|
|
biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
170 Messaggi |
 Inserito il - 15 febbraio 2007 : 10:08:00
|
| Io so, che una volta ottenute le coordinate, si costruisce un modello ed in base al fattore B (di temperatura mi pare) si vede se è + o - giusto rispetto ai dati (se il fattore temperatura è troppo alto evidentemente si è sbagliato). Infatti dopo aver creato il modello si fa affinamento cioè si corregge. Purtroppo non ho potuto vedere tutti i passaggi perchè non ho fatto laboratorio su questo. Normalmente gli atomi pesanti sostituiscono un particolare AA, per cui dovì+ c'è il metallo pesante lì c'è quel dato aa. |
http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif |
|
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
Cristallografia a raggi X (angolo di fase)
Didattica e Relazioni
