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 Dubbio sulla distanza dei siti di restrizione
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Tag   clonaggio    siti di restrizione    DNA  Aggiungi Tag

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Grön
Utente Junior



220 Messaggi

Inserito il - 10 novembre 2013 : 06:09:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Grön Invia a Grön un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buona giornata, ragazzi! :)

Volevo farvi una domanda - l'argomento è il clonaggio su un vettore plasmidico.. di un frammentino di DNA.

La vicinanza tra due siti di restrizione può condizionare la riuscita dell'operazione, anche se i due siti non si "overlappano" ma distano di 2-5 cb?

Esempio:

5'---ACTAGTTCTAGA---3'
3'---TGATCAAGATCT---5'

In questo caso ci son due siti di restrizione, uno che identifica ACTAGT e l'altro che identifica l'immediatamente successivo TCTAGA.

Praticamente i due siti sono adiacenti!

Grazie, fatemi sapere, se possibile! :)

Specifico le zone del taglio: nel primo caso:

A'CTAGT
TGATC'A

E nel secondo caso:

T'CTAGA
AGATC'T

_

L'unico risultato (poco incoraggiante) che ho reperito è stato questo, ma non so quanto sia attendibile:

http://www.bio.net/mm/methods/1995-October/035569.html

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 12 novembre 2013 : 01:27:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma è un problema pratico o solo teorico?

Comunque si potrebbe creare dei problemi, l'enzima di restrizione deve "sedersi" sulla sequenza quindi ha bisogno di spazio, non basta la sequenza che riconosce ma ci vuole qualche base in più dove si può "sedere" comodamente. Se le sequenze per due enzimi sono adiacenti i due enzimi si darebbero fastidio a vicenda, se si siede uno l'altro non ha abbastanza posto.

(N.B. Non ho letto il link che hai postato e non so se dica le stesse cose)
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Grön
Utente Junior



220 Messaggi

Inserito il - 14 novembre 2013 : 15:42:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Grön Invia a Grön un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Teorico - per la precisione, bioinformatico. :) Più che altro era una curiosità, perché immaginavo che la struttura 3a/4a di un qualsivoglia enzima sia un minimo voluminosa. E richieda un po' di spazio fisico - oltre che "interattivo" - cioè, il fatto di "sedersi", come dicevi tu.

Grazie del commento! :)
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