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tweety
Nuovo Arrivato
Città: pescara-chieti
10 Messaggi |
 Inserito il - 23 febbraio 2007 : 13:59:02
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ciao a tutti,potete aiutarmi a rsp a qst 2 domande del compito di bio applicata?
1)come si scrivono i primers per effettuare un clonaggio?
2)in una sequenza di cDNA come si riconoscono l'inizio e la fine dell'ORF?(soprattutto,cos'è l'ORF?!)
graze mille!
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
170 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2007 : 14:36:45
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1)Il primer normalmente è complementare ad una sequenza per cui credo venga scritto come complementare di essa. Se ad esempio la sequenza è: 3'-AATGGCCATGCCCCAAT....-5', il primer è:
5'-TTACC
Il primer è composto da pochi nucleotidi (non credo così pochi: è solo un esempio). SI attacca sempre al 3' perchè la DNA polimerasi va in direzione 5'-3'). ;)
2)Allora l'ORF (open reading frame) è la parte traducibile del DNA genomico, cioè per spiegarsi meglio, l'esone. Siccome il cDNA deriva da mRNA per riconoscere i singoli esoni penso si debbano confrontare in bionformatica con il DNA genomico che ha anche introni e da lì capire l'inizio e la fine. ;) |
http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2007 : 15:00:10
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Per i primer non e' proprio cosi! Devono essere scritti da 5' a 3', quindi immaginati questa situazione:
5'__________________________________3'
3'<---------5'
3'__________________________________5'
5'-------->3'
Il primer forward lo scrivi tale e quale alla tua sequenza , mentre il reverse dovra'essere reverse e complementare!
(scusa, ma l'immagine viene un po' sballata... Immaginati il reverse alla fine del primo filamento di DNA)
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tweety
Nuovo Arrivato
Città: pescara-chieti
10 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2007 : 18:42:00
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alla rsp dell'orf ho detto che essendo il cDNA costituito solo da mRNA e quindi avendo solo esoni ha tutta la sequenza traducibile...può essere veritiera,una cosa del genere?
grazie grazie! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2007 : 19:42:01
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Citazione:
Messaggio inserito da tweety
alla rsp dell'orf ho detto che essendo il cDNA costituito solo da mRNA e quindi avendo solo esoni ha tutta la sequenza traducibile...può essere veritiera,una cosa del genere?
grazie grazie!
Beh in realta no!
Nell'RNA esistono anche delle regioni dette 5'UTR e 3'UTR (UTR=UnTranslated Region) regioni che vengono trascritte in mRNA ma non tradotte in proteine!
Per identificare l'ORF devi trovare il codone di inizio AUG e il o i codoni di stop e verificare che sia tutto in frame, se dividi in triplette dall'AUG al codone di stop devi avere tutto in triplette... non ti dovrebbero avanzare basi! |
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
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Biol. molecolare applicata [Era:help x esame!]
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