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tweety
Nuovo Arrivato


Città: pescara-chieti


10 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2007 : 13:59:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di tweety Invia a tweety un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti,potete aiutarmi a rsp a qst 2 domande del compito di bio applicata?

1)come si scrivono i primers per effettuare un clonaggio?
2)in una sequenza di cDNA come si riconoscono l'inizio e la fine dell'ORF?(soprattutto,cos'è l'ORF?!)

graze mille!

biotech
Utente Junior

Prov.: Padova
Città: Padova


170 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2007 : 14:36:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biotech  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biotech Invia a biotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
1)Il primer normalmente è complementare ad una sequenza per cui credo venga scritto come complementare di essa. Se ad esempio la sequenza è: 3'-AATGGCCATGCCCCAAT....-5', il primer è:
5'-TTACC
Il primer è composto da pochi nucleotidi (non credo così pochi: è solo un esempio). SI attacca sempre al 3' perchè la DNA polimerasi va in direzione 5'-3'). ;)

2)Allora l'ORF (open reading frame) è la parte traducibile del DNA genomico, cioè per spiegarsi meglio, l'esone. Siccome il cDNA deriva da mRNA per riconoscere i singoli esoni penso si debbano confrontare in bionformatica con il DNA genomico che ha anche introni e da lì capire l'inizio e la fine. ;)

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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2007 : 15:00:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per i primer non e' proprio cosi! Devono essere scritti da 5' a 3', quindi immaginati questa situazione:


5'__________________________________3'
3'<---------5'

3'__________________________________5'
5'-------->3'

Il primer forward lo scrivi tale e quale alla tua sequenza , mentre il reverse dovra'essere reverse e complementare!

(scusa, ma l'immagine viene un po' sballata... Immaginati il reverse alla fine del primo filamento di DNA)

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tweety
Nuovo Arrivato


Città: pescara-chieti


10 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2007 : 18:42:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di tweety Invia a tweety un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
alla rsp dell'orf ho detto che essendo il cDNA costituito solo da mRNA e quindi avendo solo esoni ha tutta la sequenza traducibile...può essere veritiera,una cosa del genere?
grazie grazie!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2007 : 19:42:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da tweety

alla rsp dell'orf ho detto che essendo il cDNA costituito solo da mRNA e quindi avendo solo esoni ha tutta la sequenza traducibile...può essere veritiera,una cosa del genere?
grazie grazie!


Beh in realta no!
Nell'RNA esistono anche delle regioni dette 5'UTR e 3'UTR (UTR=UnTranslated Region) regioni che vengono trascritte in mRNA ma non tradotte in proteine!
Per identificare l'ORF devi trovare il codone di inizio AUG e il o i codoni di stop e verificare che sia tutto in frame, se dividi in triplette dall'AUG al codone di stop devi avere tutto in triplette... non ti dovrebbero avanzare basi!
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biotech
Utente Junior

Prov.: Padova
Città: Padova


170 Messaggi

Inserito il - 24 febbraio 2007 : 17:46:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biotech  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biotech Invia a biotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì, ho perso per strada il primer reverse, comunque è giusto. ;)

http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif
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