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Autore Discussione  

asparagina20
Nuovo Arrivato

Homer
Prov.: Cuneo
Città: alba


28 Messaggi
Inserito il - 25 febbraio 2007 : 16:28:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di asparagina20 Invia a asparagina20 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!! Sono in fase di totale disperazione pre esame!!

Qualcuno potrebbe gentilmente togliermi sto dubbio che mi perseguita da giorni riguardo i polimorfismi??

Come faccio ad individuare un polimorfismo se esso non mi cambia i siti di restrizione????

Altrimenti basterebbe fare una digestione e otterrei i RFLP, e poi un'elettroforesi e il problema è risolto!! Vero? Oppure una PCR e poi guardo la grandezza dell'amplificato, usando naturalmente una sonda marcata,...giusto?
Ma se non fosse così?? Oppure è una regola che mi deve cambiare per forza un sito di restrizione?

CIAO CIAO
paoletta

Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato

E. coli

Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania


97 Messaggi
Inserito il - 25 febbraio 2007 : 17:36:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Balsamo del Canadà Invia a Balsamo del Canadà un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao!
I polimorfismi dei siti di restrizione sono solo uno dei tanti marcatori usati nei genomi. Di solito vengono indicati gli RFLP e basta e in questo caso il polimorfismo deve agire per forza in un sito di restrizione in quanto, come hai detto tu, si taglia e poi si controlla il profilo di restrizione.
Un altro modo è controllare direttamente la sequenza di loci uguali in individui diversi. Allora semplicemente per confronto potremo individuare gli SNP ovvero Polimorfismi di Singolo Nucleotide e quindi semplici mutazioni puntiformi. Questi stessi SNPs possono essere sovrapposti ad altri marcatori. Per esempio un SNps può generare un RFLP (se cade in un sito di restrizione) oppure può generare un cambiamento fenotipico.
Poi esiste la gigantesca famiglia di marcatori basati sulla PCR. Per esempio gli AFLP ( Amplified Fragments Lenght Polomorphism) che usano dei primer che amplifichino una regione particolare che come polimorfismo mostra una dimensione differente tra individui ( immagina per esempio i satelliti del DNA che da individuo possono cambiare il numero di ripetizioni e quindi la dimensione della zona ripetuta). In questo caso il polimorfismo è individuato come una dimensione differente di frammenti PCR. Nel caso dei microsatelliti il marcatore si chiama SSR. Esiste anche un marcatore associato al sesso basato sulla PCR, e funziona perchè a seconda del sesso regioni amplificate con stessi primer danno dimensioni differenti di frammento.
Insomma.. la restrizione è uno dei modi che si usa per identificare polimorfismo che cambino un sito di restrizione. Poi c'è il semplice cambiamento fenotipico che è usato come modo per identificare polimorfismo e infine c'è la PCR.
Il numero di marcatori è davvero elevatissimo!
Purtroppo non ti so dare un link per vedere tutti i vari esistenti, ma i più comuni dovrebbero essere descritti su tutti i libri di genetica.
Spero di essere stato utile!!
-B.del C.-
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elibeca
Nuovo Arrivato

Prov.: Grosseto


1 Messaggi
Inserito il - 22 marzo 2007 : 19:30:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di elibeca Invia a elibeca un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

che cosa è un issr?ed ssr?
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Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato

E. coli

Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania


97 Messaggi
Inserito il - 23 marzo 2007 : 15:26:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Balsamo del Canadà Invia a Balsamo del Canadà un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da elibeca


che cosa è un issr?ed ssr?



L'SSR (Simple Sequence Repeat) è spiegato nel mio post precedente. E' un marcatore molecolare basato sulla PCR che amplifica porzioni in cui sono presenti minisatelliti (ripetizioni in tandem di corte sequenze) e identifica polimorfismi in base al diverso numero di ripetizioni che possono essere trovate e quindi viene identificato come un amplificato di diverse dimensioni.
L'ISSR è esattamente lo stesso principio ma cambia il tipo di sequenza ripetuta ( Inter Simple Sequence Repeat). Mi sembra siano ripetizioni di una singola base ma non ne sono certo.
Ciao!

Può essere utile questo link:
http://rucus.ru.ac.za/~wolfman/Essays/PCR1.html
-B.del C.-
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