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annama83
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 11 marzo 2014 : 10:42:48

Ciao, qualcuno mi sa consigliare un buon programma (e pi� intuitivo e immediato possibile) per fare i cluster di geni? In breve avrei bisogno di fare la heatmap col dendogramma. Grazie

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 11 marzo 2014 : 20:19:05

Sicuramente R � il meglio che si possa utilizzare. Direi che per� non rientra necessariamente nelle categorie "immediato e intuitivo"... D'altro canto i problemi di clustering non sono triviali.

Personalmente sconsiglio di gettarsi nel clustering senza avere almeno una base teorica di come funziona, come interpretare i risultati, come preparare i dati etc. in quanto si possono ottenere risultati discutibili...

Se questa base ce l'hai consiglio di scaricare R, magari insieme all'ottimo RStudio (che � la migliore interfaccia grafica per R sul mercato) e leggersi un po' di tutorial che troverai online sul clustering di geni.

Inoltre, un paio di libri interessanti che consiglio:
"Exploratory Data Analysis with MATLAB" - Martinez and Martinez: ovviamente gli esempi sono in MATLAB, ma spiega bene la teoria
"Cluster Analysis for Data Mining and System Identification" - Abonyi and Feil: nota che questo � un po' pi� tosto, ma i primi capitoli potrebbero esserti utili

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