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aivlis899
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 20 maggio 2014 : 12:23:52

Ciao a tutti. Sto utilizzando un programma di modellistica molecolare chiamato MOE per studiare un certo tipo di interazione proteina-proteina e trovare possibili inibitori. Putroppo non sono ferratissima sull 'uso di questo programma, in pratica mi sono arrangiata ad usarlo da sola consultando tutorials e vari papers on-line.. Il punto fondamentale é che vorrei essere capace di analizzare i risultati del docking in modo chiaro ed inequivoco ma non sono capace di farlo; al termine della query come output ottengo una tabella, in cui ho diversi valori: S; RMSD refine; E conf, E-place, E-score1; E-refine; E-score2. Personalmente ero abituata all'uso deL programma MAESTRO che mi forniva un unico valore di docking score; in quel caso sapevo che tanto più negativo era il punteggio ottenuto tanto migliore la query lanciata (logicamente anche a parità di altre condizioni e cioé le interazioni proteina-ligando nel pocket di interesse e in caso fosse disponibile il rispetto del modello farmacoforico etc). Qualcuno potrebbe gentilmente fornirmi chiarimenti in merito cosi da poter giudicare i miei dati... Grazie

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 21 maggio 2014 : 13:49:15

Io ho usato MOE tanto tempo fa per la mia tesi di laurea nel lontano 2006.

L'ho uppata sul mio spazio pubblico di Dropbox:

https://dl.dropboxusercontent.com/u/12457820/TESI_LAUREA.pdf

La lascio su una settimana per i download, dopodichè la tolgo

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada