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SimonaBiotech
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18 Messaggi

Inserito il - 13 giugno 2014 : 16:55:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SimonaBiotech Invia a SimonaBiotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
mi sono appena iscritta al vostro FANTASTICO blog perché da qualche settimana a questa parte mi state aiutando tantissimo con i miei dubbi. Tuttavia oggi sono incappata in un esercizio che riguarda le mappe di restrizione, e purtroppo nemmeno i vostri fantastici articoli e consigli mi hanno potuto aiutare. Quindi ho deciso di creare una nuova discussione basata proprio su quest'esercizio.
Spero che qualcuno di voi possa aiutarmi
Dunque, abbiamo un segmento di DNA lungo 4,9 Kb (4900 Kb) viene digerito da due enzimi separatamente:
EcoRI e BamHI i quali lo tagliano in diversi frammenti:

EcoRI 1,5 Kb e 3,4 Kb
BamHI 0,7 Kb; 1,2 Kb; 1,0 Kb e 2,0 Kb

Dopo una doppia digestione (EcoRI + BamHI) i frammenti sono i seguenti:

0,2 Kb; 0,5 kb; 1,0 Kb; 1,2 Kb e 2,0 Kb

Devo identificare le DUE possibili mappe di restrizione.

Spero che qualche anima pia possa spiegarmi come fare.
Io mi confondo perché essendo 4 i frammenti di restrizione (di BamHI) e 3 i siti di taglio ci sono 12 possibili combinazioni e non riesco ad identificare quelle esatte.

SimonaBiotech
Nuovo Arrivato



18 Messaggi

Inserito il - 13 giugno 2014 : 23:26:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SimonaBiotech Invia a SimonaBiotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nessuno può aiutarmi?
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Neuroscience
Utente



659 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2014 : 12:35:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da SimonaBiotech

Nessuno può aiutarmi?




forse perché è molto semplice... dovresti applicarti un po' di più...


1) Verifichiamo che la somma della grandezza di tutte le bande sia uguale nelle tre digestioni. Così sappiamo che il DNA è lineare ed è lungo 4,9 kb e che non ci siano due bande della stessa grandezza.

2) Evidentemente EcoRI taglia una sola volta ed il sito si trova a 1,5 kb da un estremo e 3,4 kb dall'altro estremo

3) BamH I taglia 3 volte.

4) E' lecito pensare che il sito di EcoRI si trovi all'interno di uno dei frammenti tagliati da BamH I, quindi nella doppia digestione, UNA sola banda di BamHI scomparirà e appariranno i suoi frammenti (a meno di casi più complessi )

5) Verifico che le bande 1,0 1,2 e 2 kb di BamH I siano presenti nella digestione singola ed anche nella doppia digestione con EcoRI, quindi queste regioni non contengono il sito di EcoR I, mentre la banda 0,7 è tagliata nelle bande 0,5 e 0,2.

6) Verifico che 0,5 + 0,2 = 0,7 quindi è verosimile che sia la stessa banda

7) Dobbiamo fare un disegnino e trovare le tutte possibili combinazioni... pochissime. Andiamo per gradi
Disegniamo una linea continua della grandezza di 4,9 kb
------------4,9-------------------

Mettiamo una R dove c'è il sito di EcoR I alla distanza di 1,5 kb da un estremo e 3,4 dall'altro
---1,5kb----R------------3,4kb--------------

Ovvio che le 2,0 kb di BamHI possa stare solo nella parte di destra, poiché la parte sinistra è troppo piccola per contenerla.
Ovvio che se il frammento di 1,2kb di BamHI si trovasse dentro la parte di sinistra avanzerebbero 0,3kb che non vediamo nella doppia digestione, quindi è da escludere. Il frammento da 1,2 si può trovare solo nella parte di destra.

La parte di destra quindi contiene 2,0kb +1,2 kb di BamHI=3,2 kb su 3,4 kb a disposizione
le possibilità sono due, ma indifferenti, segnando con B il sito di BamHI abbiamo:

----1,5kb---R--0,2kb--B----2,0kb----B---1,2kb---
oppure
----1,5kb---R--0,2kb--B---1,2kb---B----2,0kb----

il frammento da 0,7 comprende il sito di eco R e ci troviamo poiché EcoRI lo taglia proprio in due bande da 0,2 e 0,5kb

avanza solo 1,0kb a sinistra che è evidentemente l'ultimo frammento di BamHI

Risultato

--1,0kb--B-0,5kb-R-0,2kb-B----2,0kb----B---1,2kb---
oppure
--1,0kb--B-0,5kb-R-0,2kb-B---1,2kb---B----2,0kb----

Ripetilo con calma e vedrai che ci puoi arrivare anche da solo

In bocca al lupo

n.
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