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CercoChiarimenti
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Inserito il - 23 giugno 2014 : 15:04:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di CercoChiarimenti Invia a CercoChiarimenti un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
A proposito di
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000546
Abbiamo un mRNA di riferim (RefSeq), come ci dice il suffisso NM. Tra i tanti che un gene può prod per diversa lettura delle ORF su quel gene.

Questo mRNA ha 2591 bp ?

E' la variante 1 del trascritto, tra quelli che il gene può prod per splicing altern ?

La versione è la NM_000546.5 e il numero dopo il punto denota la modalità con cui tale sequenza è stata scomposta e riassemblata.

Sempre alla voce Version GI cos'è ?

La voce SOURCE indica il gene da cui tale mRNA proviene ?
Che è il TP53 !?
Questo ha 2591 bp ? Ma com'è possibile ?
Ne avrà di meno se gli introni del gene non sono subentrati nell'mRNA maturo ?

Sempre a quella voce si trova scritto:
/chromosome="17" che è il numero di Scaffold che indica su quale cromosoma è posizion il gene.
/map="17p13.1" che è il punto in cui è posiz il gene sul cromosoma ? Ovvero il numero di Contig ?

Questi link
/db_xref="GeneID:7157"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="MIM:191170"
Riportano a un gene analogo il primo ?!
E gli altri due ?

Alla voce EXON si può trovare 175..276 che è ? l'esone !?
Ma com'è possib ? Se la parte codif CDS va da 203 a 1384, com'è scritto poco più sotto ?

Il prodotto proteico di questo mRNA cmq è questo:
/product="cellular tumor antigen p53 isoform a"
/protein_id="NP_000537.3"

Questi link a cosa riportano ?
/db_xref="GI:120407068"
/db_xref="CCDS:CCDS11118.1"
/db_xref="GeneID:7157"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="MIM:191170"

Le MISC FEATURE cosa sono ?

Come s'individuano le 5'UTR e le 3'UTR ?

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2014 : 18:35:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da CercoChiarimenti

A proposito di
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000546
Abbiamo un mRNA di riferim (RefSeq), come ci dice il suffisso NM. Tra i tanti che un gene può prod per diversa lettura delle ORF su quel gene.

Questo mRNA ha 2591 bp ?

direi di sì dato che c'è scritto così, ma se non ti fidi puoi anche contarle!
Citazione:

E' la variante 1 del trascritto, tra quelli che il gene può prod per splicing altern ?

Sì, se vai a vedere sul gene (link sotto) vedi anche le altre.

Citazione:

La versione è la NM_000546.5 e il numero dopo il punto denota la modalità con cui tale sequenza è stata scomposta e riassemblata.

Sempre alla voce Version GI cos'è ?

Qua è spiegato tutto: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/sequenceIDs.html

Citazione:

La voce SOURCE indica il gene da cui tale mRNA proviene ?
Che è il TP53 !?

No, come specificato anche sotto indica la "fonte" da cui è stata presa la sequenza, ovvero Homo sapiens cromosoma 17...

Citazione:

Questo ha 2591 bp ? Ma com'è possibile ?
Ne avrà di meno se gli introni del gene non sono subentrati nell'mRNA maturo ?

non essendo il gene, ma essendo la sequenza dell'mRNA, tutto torna...


Citazione:

Sempre a quella voce si trova scritto:
/chromosome="17" che è il numero di Scaffold che indica su quale cromosoma è posizion il gene.
/map="17p13.1" che è il punto in cui è posiz il gene sul cromosoma ? Ovvero il numero di Contig ?

No è la posizione su cromosoma:
cromosoma 17
braccio corto (p)
regione 1
banda 3
sottobanda 1


Citazione:


Questi link
/db_xref="GeneID:7157"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="MIM:191170"
Riportano a un gene analogo il primo ?!
E gli altri due ?

Sono tutti link ad altri database (basta cliccarci sopra per scoprirlo!)
GeneID come dicevi è il link al gene su NCBI
HGNC è il link del gene su "HUGO Gene Nomenclature Commitee" che si occupa della nomenclatura di geni, proteine ecc...
MIN l'ID del gene per "Mendelian Inherritance in Man", e il link alla versione on line OMIM

Citazione:

Alla voce EXON si può trovare 175..276 che è ? l'esone !?
Ma com'è possib ? Se la parte codif CDS va da 203 a 1384, com'è scritto poco più sotto ?

se sai come avvengono trascrizione e traduzione, la cosa non è strana, ci sono sequenze trascritte (quindi che fanno parte di esoni) ma non tradotte. E qua rispondo anche alla domanda finale.
Il primo esone è:
exon            1..174

Il secondo esone è:
exon            175..276

e dato che il CDS è:
CDS             203..1384

sarà all'interno del secondo esone che troverai l'ATG.
Quindi puoi trovare la 5'UTR

Il discorso è analogo per la 3'UTR.

Citazione:

Il prodotto proteico di questo mRNA cmq è questo:
/product="cellular tumor antigen p53 isoform a"
/protein_id="NP_000537.3"



Citazione:

Questi link a cosa riportano ?
/db_xref="GI:120407068"
/db_xref="CCDS:CCDS11118.1"
/db_xref="GeneID:7157"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="MIM:191170"

Ma la curiosità di cliccarci sopra e vedere a cosa portano, no?
Comunque l'ho scritto prima, manca solo il database CCDS che è quello delle sequenze consenso dei CDS.

Citazione:


Le MISC FEATURE cosa sono ?


"miscellaneous features", ovvero varie altre informazioni

Citazione:

Come s'individuano le 5'UTR e le 3'UTR ?


già risposto

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Inserito il - 24 giugno 2014 : 10:10:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di CercoChiarimenti Invia a CercoChiarimenti un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:

Alla voce EXON si può trovare 175..276 che è ? l'esone !?
Ma com'è possib ? Se la parte codif CDS va da 203 a 1384, com'è scritto poco più sotto ?

se sai come avvengono trascrizione e traduzione, la cosa non è strana, ci sono sequenze trascritte (quindi che fanno parte di esoni) ma non tradotte. E qua rispondo anche alla domanda finale.
Il primo esone è:
exon            1..174

Il secondo esone è:
exon            175..276

e dato che il CDS è:
CDS             203..1384

sarà all'interno del secondo esone che troverai l'ATG.
Quindi puoi trovare la 5'UTR

Il discorso è analogo per la 3'UTR.

[quote]

Ti ringrazio moltissimo, e ho capito meglio anche questa parte, perché ho trovato che più sotto ci sono gli altri esoni, che messi in fila comprendono tutto il nostro mRNA!
Mentre la CDS va da 203 a 1384
La CDS
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