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AntonioSillo
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61 Messaggi |
 Inserito il - 28 marzo 2015 : 11:58:33
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Ciao,
Sto provando a studiare l'interazione tra una proteina ricombinante ed una sequenza di dna (30 no) a cui in vivo questa proteina si lega. Con un saggio EMSA non vedo alcuna interazione e nemmeno con tecniche piu fini come nmr o far-UV CD. se ripeto l'esperimento con un approccio pull down facendo uso delle streptavidin coated magnetic beads, noto che la proteina interagisce, viene eluita come dimero( nonostante step di boiling in lemmli buffer) mentre nel surnatante la proteina è presente come monomero.
Se ripeto tutto con gli estratti proteici nucleari da fibroblasti, ho sempre risultati positivi.
Come mai? La proteina negli estratti non subisce modificazioni post traduzionali.
Stavo pensando ad un effetto di crowding che in semplici incubazione per l'emsa quando uso la proteina ricombinante non c'è , mentre con gli estratti proteici nucleari c'è, mentre con il pull- down il crowding c'è sempre visto che le beads dovrebbero simulare questo effetto
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EMSA & pull-down
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